桅杆

DOI:10.18129 / B9.bioc.MAST

这是发展版本的桅杆;稳定的发布版本,请参阅桅杆。

基于模型的单细胞转录组的分析

Bioconductor版本:发展(3.17)

方法和模型处理zero-inflated单细胞分析的数据。

作者:安德鲁McDavid (aut (cre),格雷格Finak (aut) Masanao Yajima (aut)

维护人员:安德鲁McDavid < Andrew_McDavid urmc.rochester.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“桅杆”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes(“桅杆”)

HTML	R脚本	介绍桅杆
HTML	R脚本	Interoptability桅杆和SingleCellExperiment-derived包之间
HTML	R脚本	使用桅杆进行过滤、微分表达式MAIT细胞和基因集富集
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DifferentialExpression,GeneExpression,GeneSetEnrichment,RNASeq,SingleCell,软件,转录组
版本	1.25.1
Bioconductor自	BioC 3.4 (r - 3.3)(6.5年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	SingleCellExperiment(> = 1.2.0)、R (> = 3.5)
进口	Biobase,BiocGenerics,S4Vectors,data.table,ggplot2,plyr,stringr,abind、方法、并行reshape2、统计、stats4图形,跑龙套,SummarizedExperiment(> = 1.5.3)更正,进步
链接
建议	knitr,rmarkdown,testthat,lme4(> = 1.0),blme,roxygen2(> 0),numDeriv,车,gdata,晶格,GGally,GSEABase,NMF,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,rsvd,limma,RColorBrewer,BiocStyle,嘘,DelayedArray,矩阵,HDF5Array,zinbwave,dplyr
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/RGLab/MAST/
BugReports	https://github.com/RGLab/MAST/issues
取决于我	POWSC
进口我	benchdamic,celaref,singleCellTK
建议我	clusterExperiment,EWCE
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	MAST_1.25.1.tar.gz
Windows二进制	MAST_1.25.1.zip
macOS二进制(x86_64)	MAST_1.25.1.tgz
macOS二进制(arm64)	MAST_1.25.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MAST
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/桅杆
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/MAST/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/MAST/
包下载报告	下载数据