桅杆

DOI:10.18129 / B9.bioc.MAST

这是发展版本的桅杆;稳定的发布版本,请参阅桅杆

基于模型的单细胞转录组的分析

Bioconductor版本:发展(3.17)

方法和模型处理zero-inflated单细胞分析的数据。

作者:安德鲁McDavid (aut (cre),格雷格Finak (aut) Masanao Yajima (aut)

维护人员:安德鲁McDavid < Andrew_McDavid urmc.rochester.edu >

从内部引用(R,回车引用(“桅杆”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“桅杆”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes(“桅杆”)

HTML R脚本 介绍桅杆
HTML R脚本 Interoptability桅杆和SingleCellExperiment-derived包之间
HTML R脚本 使用桅杆进行过滤、微分表达式MAIT细胞和基因集富集
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews DifferentialExpression,GeneExpression,GeneSetEnrichment,RNASeq,SingleCell,软件,转录组
版本 1.25.1
Bioconductor自 BioC 3.4 (r - 3.3)(6.5年)
许可证 GPL (> = 2)
取决于 SingleCellExperiment(> = 1.2.0)、R (> = 3.5)
进口 Biobase,BiocGenerics,S4Vectors,data.table,ggplot2,plyr,stringr,abind、方法、并行reshape2、统计、stats4图形,跑龙套,SummarizedExperiment(> = 1.5.3)更正,进步
链接
建议 knitr,rmarkdown,testthat,lme4(> = 1.0),blme,roxygen2(> 0),numDeriv,,gdata,晶格,GGally,GSEABase,NMF,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,rsvd,limma,RColorBrewer,BiocStyle,,DelayedArray,矩阵,HDF5Array,zinbwave,dplyr
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/RGLab/MAST/
BugReports https://github.com/RGLab/MAST/issues
取决于我 POWSC
进口我 benchdamic,celaref,singleCellTK
建议我 clusterExperiment,EWCE
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包 MAST_1.25.1.tar.gz
Windows二进制 MAST_1.25.1.zip
macOS二进制(x86_64) MAST_1.25.1.tgz
macOS二进制(arm64) MAST_1.25.1.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MAST
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/桅杆
Bioc包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/MAST/
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/MAST/
包下载报告 下载数据

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  • 支持网站——关于Bioconductor包的问题
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