DOI:10.18129 / B9.bioc.MAI

这是发展梅的版本;稳定的发布版本,请参阅

Mechanism-Aware归责

Bioconductor版本:发展(3.18)

一个两步方法在代谢组学将丢失的数据。步骤1使用一个随机森林分类器分类完全随机缺失值消失/随机缺失(MCAR / MAR)或失踪不是随机(MNAR)。MCAR / MAR结合,因为往往很难区分这两个失踪的类型在代谢组学数据。步骤2背景缺失的值基于分类缺失机制,使用适当的归责算法。归责算法测试和用于MCAR / MAR包括贝叶斯主成分分析(BPCA),多个归责没有跳过再邻居(Multi_nsKNN)和随机森林。归责算法测试和用于MNAR包括nsKNN和单一的归责方法归责的代谢物left-censoring存在的地方。

作者:乔纳森Dekermanjian (aut (cre),艾琳Shaddox (aut) Debmalya Nandy (aut) Debashis Ghosh (aut) (Katerina Kechris (aut)

维护人员:乔纳森Dekermanjian <乔纳森。在CUAnschutz.edu Dekermanjian >

从内部引用(R,回车引用(MAI)):

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“梅”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (MAI)

HTML R脚本 利用Mechanism-Aware归咎(MAI)
PDF 参考手册
文本 新闻
文本 许可证

细节

biocViews 分类,代谢组学,软件,StatisticalMethod
版本 1.7.0
Bioconductor自 BioC 3.14 (r - 4.1)(1.5年)
许可证 GPL-3
取决于 R (> = 3.5.0)
进口 插入符号、并行、doParallel foreach e1071,未来。missForest应用,未来,pcaMethods,统计tidyverse跑龙套、方法SummarizedExperiment,S4Vectors
链接
建议 knitr rmarkdown,BiocStyletestthat (> = 3.0.0)
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/KechrisLab/MAI
BugReports https://github.com/KechrisLab/MAI/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包 MAI_1.7.0.tar.gz
Windows二进制 MAI_1.7.0.zip
macOS二进制(x86_64) MAI_1.7.0.tgz
macOS二进制(arm64) MAI_1.7.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MAI
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/麦
Bioc包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/MAI/
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/MAI/
包下载报告 下载数据

文档»

Bioconductor

R/凹口包和文档

支持»

请阅读发布指南。文章质疑Bioconductor到以下位置:

  • 支持网站——关于Bioconductor包的问题
  • 正常词 开发人员邮件列表,包bob电竞体育官网