MAGeCKFlute

DOI:10.18129 / B9.bioc.MAGeCKFlute

这是发展MAGeCKFlute版本;稳定的发布版本请参见MAGeCKFlute。

整合分析管道汇集CRISPR功能基因筛选

生物导体版本:开发(3.14)

CRISPR (clustered regularly interspaced short palindrome repeats)结合核酸酶Cas9 (CRISPR/Cas9)筛选是系统评估基因功能的一种有前景的技术。CRISPR/Cas9筛选的数据分析是一个关键的过程，包括识别筛选命中点，并在下游分析中探索这些命中点的生物学功能。我们之前开发了两种算法MAGeCK和MAGeCK- vispr，用于分析不同场景下的CRISPR/Cas9屏幕数据。这两种算法允许用户执行质量控制、读取计数生成和归一化，并计算beta分数来评估基因选择性能。在下游分析中，需要通过生物学功能分析来了解这些不同筛选目的的已鉴定基因的生物学功能。在这里，我们开发了MAGeCKFlute来支持下游分析。MAGeCKFlute提供了几种策略来消除sgrna水平阅读计数和基因水平beta评分中的潜在偏差。该包的下游分析包括鉴定必要的、非必要的和目标相关的基因，并对这些基因进行生物学功能类别分析、通路富集分析和蛋白复合物富集分析。该包还以多种方式可视化基因，有利于用户探索筛选数据。总的来说，MAGeCKFlute能够准确识别必要的、非必要的和目标基因，以及它们相关的生物学功能。 This vignette explains the use of the package and demonstrates typical workflows.

作者:王彬彬、张武兵、吴飞珍、李伟、刘秀莉

维护者:张武兵

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("MAGeCKFlute")

有关较旧版本的R，请参阅适当的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的软件包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“MAGeCKFlute”)

超文本标记语言	R脚本	MAGeCKFlute。限制型心肌病
超文本标记语言	R脚本	MAGeCKFlute_enrichment。限制型心肌病
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	CRISPR,FunctionalGenomics,GeneSetEnrichment,GeneTarget,KEGG,归一化,通路,PooledScreens,质量控制,软件,可视化
版本	1.13.0
Bioconductor自	BioC 3.7 (R-3.5)(3年)
许可证	GPL (> = 3)
取决于	R (> = 3.5)
进口	Biobase,clusterProfiler(> = 3.16.1),enrichplot,gridExtra,ggplot2,ggrepel、grDevices、网格reshape2统计,跑龙套
链接
建议	biomaRt,BiocStyle,剂量,dendextend、图形、knitr,msigdbr,pheatmap,png,pathview,尺度,股东价值分析,testthat
SystemRequirements
增强了
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取决于我
进口我	SpidermiR
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包档案

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源包	MAGeCKFlute_1.13.0.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13 (High Sierra)	MAGeCKFlute_1.13.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MAGeCKFlute
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ MAGeCKFlute
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/MAGeCKFlute/
包下载报告	下载数据