MAGAR

DOI:10.18129 / B9.bioc.MAGAR

这是发展MAGAR版本;稳定版请参见MAGAR．

MAGAR:从DNA甲基化和基因分型数据计算甲基化数量性状位点(methQTL)的r包

Bioconductor版本:开发(3.17)

“甲基化感知R基因型关联”(MAGAR)从匹配样本的DNA甲基化和基因分型数据计算甲基qtl。MAGAR使用线性建模策略来调用作为methqtl的cpg / snp。MAGAR解释了cpg的局部相关结构。

作者:Michael Scherer [cre, aut]

维护者:Michael Scherer

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("MAGAR")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“MAGAR”)

超文本标记语言	R脚本	甲基化敏感基因型与R
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	BatchEffect，聚类，CopyNumberVariation，CpGIsland，DNAMethylation，DataImport，DifferentialMethylation，表观遗传学，GeneticVariability，GraphAndNetwork，ImmunoOncology，MethylSeq，MethylationArray，微阵列，网络，预处理，质量控制，回归，单核苷酸多态性，测序，软件，TwoChannel，mRNAMicroarray
版本	1.7.0
在Bioconductor	BioC 3.13 (R-4.1)(1.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 4.1)，HDF5Array，RnBeads，snpStats，crlmm
进口	doParallel，igraph，bigstatsr，rjson，plyr，data.table，UpSetR，reshape2，jsonlite、方法、ff，argparse，嫁祸于，RnBeads.hg19， utils，统计
链接
建议	gridExtra，维恩图，qqman，萝拉，RUnit，rmutil，rmarkdown，JASPAR2018，TFBSTools，seqLogo，knitr，devtools，BiocGenerics，BiocManager
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/MPIIComputationalEpigenetics/MAGAR
BugReports	https://github.com/MPIIComputationalEpigenetics/MAGAR/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	MAGAR_1.7.0.tar.gz
Windows二进制	MAGAR_1.7.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)
macOS二进制文件(arm64)	MAGAR_1.7.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MAGAR
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/MAGAR
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/MAGAR/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/MAGAR/
软件包下载报告	下载数据