MACPET

DOI:10.18129 / B9.bioc.MACPET

这个包是弃用。它可能会从Bioconductor删除。请参考包临终的指导方针为更多的信息。

这是发展MACPET版本;稳定的发布版本,请参阅MACPET。

基于模型的分析paired-end数据

Bioconductor版本:发展(3.16)

MACPET包可用于完成ChIA-PET数据交互分析。MACPET读取ChIA-PET BAM数据或山姆格式和数据分离到Self-ligated,内部,Inter-chromosomal宠物。此外,MACPET把基因组分为地区和适用于二维混合模型识别候选的峰值/绑定网站使用倾斜广义students-t分布(SGT)。它然后使用一个本地泊松模型寻找重要的结合位点。最后它运行一个添加剂互动分析模型要求重要的那些山峰之间的相互作用。MACPET主要是用c++编写的,它也支持BiocParallel包。

作者:Ioannis Vardaxis

维护人员:Ioannis Vardaxis < iova89 hotmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“MACPET”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

PDF		参考手册

细节

biocViews	分类,聚类,DNA3DStructure,嗝,PeakDetection,软件,StatisticalMethod
版本	1.17.1
Bioconductor自	BioC 3.7 (r - 3.5)(4.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 3.6.1),InteractionSet(> = 1.13.0),bigmemory(> = 4.5.33),黑洞(> = 1.66.0.1),Rcpp(> = 1.0.1)
进口	时间间隔(> = 0.15.1),plyr(> = 1.8.4),Rsamtools(> = 2.1.3),数据(> = 3.6.1),跑龙套(> = 3.6.1)、方法(> = 3.6.1),GenomicRanges(> = 1.37.14),S4Vectors(> = 0.23.17),IRanges(> = 2.19.10),GenomeInfoDb(> = 1.21.1),gtools(> = 3.8.1),GenomicAlignments(> = 1.21.4),knitr(> = 1.23),rtracklayer(> = 1.45.1),BiocParallel(> = 1.19.0),Rbowtie(> = 1.25.0),GEOquery(> = 2.53.0),Biostrings(> = 2.53.2),ShortRead(> = 1.43.0),futile.logger(> = 3)
链接	Rcpp,bigmemory,黑洞
建议	ggplot2(> = 3.2.0),igraph(> = 1.2.4.1),rmarkdown(> = 1.14),reshape2(> = 3),BiocStyle(> = 2.13.2)
SystemRequirements	c++ 11
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包
Windows二进制
macOS 10.13(高山脉)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MACPET
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ MACPET
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/MACPET/
包下载报告	下载数据