LineagePulse

DOI:10.18129 / B9.bioc.LineagePulse

这是发展LineagePulse版本;稳定的发布版本,请参阅LineagePulse。

微分表达式为单细胞RNA-seq数据分析和模型拟合

Bioconductor版本:发展(3.16)

LineagePulse是一个微分表达式和表达模型拟合包适合单细胞RNA-seq数据(scRNA-seq)。LineagePulse占批处理效果,退出和可变测序深度。可以使用LineagePulse执行纵向差异表达分析在拟时间之间的连续协调或离散的细胞组织(例如预定义的集群或实验条件)。适合可以直接从LineagePulse表达模型。

作者:大卫·费舍尔(aut (cre),费边赛思(施),近红外光谱Yosef(施)

维护人员:大卫·菲舍尔S <大卫。费舍尔在helmholtz-muenchen.de >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“LineagePulse”)

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文档

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HTML	R脚本	LineagePulse
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	CellBasedAssays,CellBiology,DifferentialExpression,GeneExpression,ImmunoOncology,测序,SingleCell,软件,StatisticalMethod,TimeCourse
版本	1.17.0
Bioconductor自	BioC 3.7 (r - 3.5)(4.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于
进口	BiocParallel,circlize编译器,ComplexHeatmap,ggplot2,gplots、grDevices、网格knitr,矩阵、方法、RColorBrewer,SingleCellExperiment样条函数、统计数据SummarizedExperiment,跑龙套
链接
建议
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/YosefLab/LineagePulse/issues
取决于我
进口我
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包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	LineagePulse_1.17.0.tar.gz
Windows二进制	LineagePulse_1.17.0.zip(64位)
macOS 10.13(高山脉)	LineagePulse_1.17.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/LineagePulse
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ LineagePulse
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/LineagePulse/
包下载报告	下载数据