LinTInd

DOI:10.18129 / B9.bioc.LinTInd

这是发展LinTInd版本;稳定版请参见LinTInd．

由索引程序跟踪沿袭

Bioconductor版本:开发(3.17)

当我们结合基因编辑技术和测序技术时，我们需要从生成的等位基因重建谱系树，并计算每对组之间的相似性。FindIndel()和IndelForm()函数将帮助您将每个读取序列分别对齐到引用序列并生成疤痕形式字符串。IndelIdents()函数将帮助您为每个单元格或read定义一个疤痕形式。IndelPlot()函数将帮助您可视化删除和插入的分布。TagProcess()函数将帮助您为每个单元格或read提取索引。TagDist()函数将帮助您计算每对组之间的相似性。BuildTree()函数将帮助您重建树。PlotTree()函数将帮助您可视化树。

作者:王鲁月[aut, cre]，向斌[ctb]，刘恒鑫[ctb]，吴伟[ths]

维护人员:Luyue Wang

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("LinTInd")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“LinTInd”)

超文本标记语言	R脚本	LinTInd -教程
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	对齐，CRISPR，SingleCell，软件
版本	1.3.0
在Bioconductor	BioC 3.15 (R-4.2)(1年)
许可证	MIT +文件许可证
取决于	R (>= 4.0)，ggplot2，平行，统计，S4Vectors
进口	data.tree，reshape2，networkD3，stringdist，purrr，猿，cowplot，ggnewscale，stringr，dplyr，rlist，pheatmap，Biostrings，IRanges，BiocGenerics(> = 0.36.1),ggtree
链接
建议	knitr，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	LinTInd_1.3.0.tar.gz
Windows二进制	LinTInd_1.3.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	LinTInd_1.3.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	LinTInd_1.3.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/LinTInd
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/LinTInd
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/LinTInd/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/LinTInd/
软件包下载报告	下载数据