LRCell.

DOI：10.18129 / b9.bioc.lrcell.

这是发展LRCell的版本;要使用它，请安装devel版本生物导体。

使用Logistic / Linear回归进行差分细胞类型变更分析

Bioconductor版本：开发（3.13）

LRCell的目标是识别驱动批量RNA-SEQ差异基因表达实验中观察到的变化的特定子细胞类型。为此，LRCell利用从单细胞RNA测序（ScRNA-SEQ）中获得的细胞标记基因的组细胞标记基因作为感兴趣组织中的各种细胞类型的指示剂。接下来，对于每种细胞类型，使用其标记基因作为指标，我们在具有差异表达式p值的完整基因上应用Logistic回归，以计算细胞型意义p值。最后，将这些p值进行比较，以预测在本体RNA-SEQ实验中观察到的差异基因表达模式可能负责哪一个。LRCell受到Sartor等人开发的LRPath [@ Sartor2009LRATPAL]算法的启发，最初设计用于途径/基因设定富集分析。LRCell包含三个主要组分：LRCell分析，情节生成和标记基因选择。本次包装中的所有模块都在R.本次包装还提供预前期皮质（PFC）人脑区，人PBMC和九个小鼠脑区的标志基因（额度皮质，小脑，Globus Pallidus，海马，梭形，后皮，纹状体，体内nigra和丘脑）。

作者：文京马[CRE，AUT]

维护者：Wenjing Ma

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.1”）并输入：

if（！percennamespace（“biocmanager”，squilly = true））install.packages（“biocmanager”）＃下面初始化buoc devel biocmanager :: install的用法（版本='devel'）biocmanager ::安装（“lrcell”）

对于旧版本，请参阅相应的生物导体释放。

文件

要查看系统中安装此包版本的文档，请启动r并输入：

BROWSEVIGNETTES（“LRCELL”）

HTML.	r script.	LRCell Vignette.
PDF.		参考手册
文本		消息
文本		执照

细节

Biocviews.	不同的亚兴那基因表达那GenesetenRichment.那回归那测序那SingleCell.那软件
版本	0.99.7
在生物导体中以来	BIOC 3.13（R-4.1）
执照	mit +文件执照
依靠	r（> = 4.1），实验室那annotationhub.
进口	生物相投那dplyr.那ggplot2.那GGRepel.那Magrittr.，统计，utils
链接到
建议	lrcelltypemarkers.那生物焦那kn那RAMAMAMDOW.那Roxygen2.那testthat.
系统要求
加强
URL.
Bugreports.	https://github.com/marvinquiet/lrcell/issues.
取决于我
进口我
建议我	lrcelltypemarkers.
链接给我
建立报告

包档案包

跟随bob 体育网址 在r会话中使用此包的说明。

源包	lrcell_0.99.7.ta​​r.gz.
Windows二进制文件	lrcell_0.99.7.zip.
Macos 10.13（高塞拉）	lrcell_0.99.7.tgz.
源存储库	git clone https://git.biocumon.org/packages/lrcell.
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.biocondudard.org：包装/ lrcell
包短网址	https://biocumon.org/packages/lrcell/
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