LOBSTAHS

DOI:10.18129 / B9.bioc.LOBSTAHS

这是发展LOBSTAHS版本;稳定的发布版本,请参阅LOBSTAHS。

脂质和Oxylipin生物标志物筛选通过加合物等级序列

Bioconductor版本:发展(3.16)

LOBSTAHS多功能方案筛选,注释,大规模光谱特性和假定的识别大,HPLC-MS脂质数据集。在计算机数据广泛的脂质,可以生成氧化脂质,oxylipins从用户提供的结构标准数据库生成函数。LOBSTAHS然后应用这些数据库分配的复合身份特性在任何大质量准确性已经处理的数据集使用xcms和相机。用户可以应用一系列的正交筛选标准基于离子加合物的形成模式,色谱保留时间,和其他属性评估和信心分数分配给这个初步的任务列表。在筛选程序,LOBSTAHS拒绝作业,不符合指定的标准,识别潜在的同分异构体和等压线,分配不同的注释代码协助用户评估每个任务的准确性。

作者:詹姆斯•柯林斯(aut (cre)海伦弗莱德里克(aut) Bethanie爱德华兹(aut),亨利·霍尔姆(aut),本杰明·Mooy (aut),丹尼尔•洛温斯坦(aut)

维护者:亨利河中沙洲< hholm whoi.edu >、詹姆斯·柯林斯丹尼尔•洛温斯坦< dlowenstein whoi.edu > < james.r。柯林斯在aya.yale.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“LOBSTAHS”)

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文档

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browseVignettes (“LOBSTAHS”)

HTML	R脚本	发现、识别和筛选的脂质和Oxylipins HPLC-MS使用LOBSTAHS数据集
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	DataImport,ImmunoOncology,Lipidomics,MassSpectrometry,代谢组学,软件
版本	1.23.0
Bioconductor自	BioC 3.4 (r - 3.3)(6年)
许可证	GPL(> = 3) +文件许可证
取决于	R (> = 3.4),xcms,相机、方法
进口	跑龙套
链接
建议	PtH2O2lipids,knitr,rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/LOBSTAHS
BugReports	https://github.com/vanmooylipidomics/LOBSTAHS/issues/new
取决于我	PtH2O2lipids
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	LOBSTAHS_1.23.0.tar.gz
Windows二进制	LOBSTAHS_1.23.0.zip
macOS二进制(x86_64)	LOBSTAHS_1.23.0.tgz
macOS二进制(arm64)	LOBSTAHS_1.23.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/LOBSTAHS
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ LOBSTAHS
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/LOBSTAHS/
包下载报告	下载数据