花边

DOI:10.18129 / B9.bioc.LACE

这是发展版本的花边;稳定的发布版本,请参阅花边。

纵向分析癌症的演化(花边)

Bioconductor版本:发展(3.18)

花边是一个算法框架,流程单细胞体细胞突变概要文件从癌症样本收集在不同的时间点,在不同的实验设置,产生纵向癌症演化的模型。系统的方法解决了布尔矩阵分解问题约束,通过最大化似然函数计算在多个时间点。

作者:丹尼尔Ramazzotti (aut),Fabrizio Angaroni (aut),大卫Maspero (cre, aut),亚历克斯Graudenzi (aut),卢卡·德·佐(aut)蒋禄卡,Ascolani (aut)

维护人员:大卫。Maspero < d。在campus.unimib.it maspero >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“花边”)

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文档

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HTML	R脚本	LACE-interface
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文本		许可证

细节

biocViews	BiomedicalInformatics,SingleCell,软件,SomaticMutation
版本	2.5.0
Bioconductor自	BioC 3.11 (r - 4.0)(3年)
许可证	文件许可证
取决于	R (> = 4.2.0)
进口	旋度、igraph foreach doParallel、可分类的,dplyr forcats,数据。树、图形grDevices、并行、RColorBrewer Rfast,统计数据,SummarizedExperiment跑龙套,purrr stringi stringr,矩阵,tidyr, jsonlite, readr, configr, DT,工具、fs、数据。表、htmltools htmlwidgets、bsplus shinyvalidate,闪亮,shinythemes, shinyFiles, shinyjs, shinyBS, shinydashboard,biomaRt,logr callr ggplot2 svglite
链接
建议	BiocGenerics,BiocStyle,knitr testthat rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/BIMIB-DISCo/LACE
BugReports	https://github.com/BIMIB-DISCo/LACE
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包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	LACE_2.5.0.tar.gz
Windows二进制	LACE_2.5.0.zip
macOS二进制(x86_64)	LACE_2.5.0.tgz
macOS二进制(arm64)	LACE_2.5.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/LACE
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/花边
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/LACE/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/LACE/
包下载报告	下载数据