Knowseq

doi：10.18129/b9.bioc.Knowseq

这是发展Knowseq的版本;对于稳定版本，请参阅Knowseq。

Knowseq R/Bioc软件包：智能转录管道

生物导体版本：开发（3.16）

Knowseq提出了一种新方法，该方法包括转录组基因表达分析中最相关的步骤。Knowseq希望将其作为一种综合工具，可以处理和提取相关的生物标志物，并通过机器学习方法进行评估。最后，KnowSeq的最后目标是从生物标志物中提取生物学知识（基因本体学富集，途径列表和可视化以及与所解决疾病有关的证据）。尽管该软件包允许手动分析所有数据，但KnowSeq的主要strenght是执行自动且智能的HTML报告的可能性，该报告收集了一个文档中的所有涉及步骤。重要的是，高高的管道是完全模块化和灵活的，因此可以从任何不同的步骤开始。Knowseq希望作为一种新颖的工具，可以帮助该领域的专家获得有关数据和疾病研究的强大知识和结论。

作者：Daniel Castillo-Secilla [AUT，CRE]，Juan Manuel Galvez [CTB]，Francisco Carrillo-Perez [CTB]，Marta Verona-Almeida [CTB]，Daniel Redondo-Sanchez [CTB]，Francisco Manuel Ortuno [CTB]，CTB [CTB]，CTB [CTB]，，CTB]，，CTB [CTB]，，CTB]，，CTB [CTB]，，CTB [CTB]，，CTB，，，地位Luis Javier Herrera [CTB]，Ignacio Rojas [CTB]

维护者：Daniel Castillo-Secilla

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（decon ='devel'）biocmanager :: install（“ knowses”）的用法

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

browsevignettes（“ knowseq”）

html	R脚本	KnowSeq用户指南
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	结盟，，，，批处理效应，，，，分类，，，，DataImport，，，，差异性，，，，特征提取，，，，去，，，，基因表达，，，，基因烯，，，，遗传学，，，，免疫学，，，，微阵列，，，，正常化，，，，途径，，，，预处理，，，，QualityControl，，，，rnaseq，，，，测序，，，，软件，，，，系统生物学，，，，转录组学
版本	1.11.1
在生物导体中	Bioc 3.10（R-3.6）（2。5年）
执照	GPL（> = 2）
要看	r（> = 4.0），CQN（> = 1.28.1）
进口	Stringr， 方法，GGPLOT2（> = 3.3.0），jsonlite，，，，克恩拉布，，，，rlist，，，，rmarkDown，，，，RESHAPE2，，，，E1071，，，，Randomforest，，，，商在，，，，XML，，，，Praznik，，，，r.utils，，，，httr，，，，SVA（> = 3.30.1），EDGER（> = 3.24.3），林玛（> = 3.38.3），grdevices，图形，统计，utils，HMISC（> = 4.4.0），栅格
链接
建议	尼特
系统要求
增强
URL
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	knowseq_1.11.1.tar.gz
Windows二进制	knowseq_1.11.1.zip
MacOS 10.13（高山脉）	knowseq_1.11.1.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/knowseq
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/knowseq
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/knowseq/
软件包下载报告	下载统计