kegggraph

doi：10.18129/b9.bioc.kegggraph

这是发展kegggraph的版本；对于稳定版本，请参阅kegggraph。

kegggraph：在R和bioconductor中使用的kegg途径的图形方法

生物导体版本：开发（3.16）

Kegggraph是Kegg途径和图对象之间的接口，也是分析，剖析和可视化这些图形的工具集合。它将定期更新的KGML（KEGG XML）文件解析为维护所有基本途径属性的图形模型。该软件包提供功能，包括解析，图形操作，可视化和等。

作者：Jitao David Zhang，Paul Shannon的投入

维护者：Jitao David Zhang

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（version = devel ='devel'）biocmanager :: install（“ kegggraph”）的用法

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

browsevignettes（“ kegggraph”）

PDF	R脚本	kegggraph：应用程序示例
PDF	R脚本	kegggraph：kegg途径的图形方法
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	GraphandNetwork，，，，kegg，，，，途径，，，，软件，，，，可视化
版本	1.57.0
在生物导体中	Bioc 2.4（R-2.9）（13年）
执照	GPL（> = 2）
要看	R（> = 3.5.0）
进口	方法，XML（> = 2.3-0），图形，utils，rcurl，，，，rgraphviz
链接
建议	rbgl，，，，测试，，，，rcolorbrewer，org.hs.eg.db，hgu133plus2.db，Spia
系统要求
增强
URL	http://www.nextbiomotif.com
取决于我	隆顿，，，，Spia
进口我	快船，，，，degraph，，，，富集兄弟，，，，kegglincs，，，，代谢信号，，，，mwastools，，，，ncigraph，，，，PathView，，，，PFP
建议我	degraph，，，，基因组机
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	kegggraph_1.57.0.tar.gz
Windows二进制	kegggraph_1.57.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	kegggraph_1.57.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/kegggraph
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：包装/kegggraph
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/kegggraph/
软件包下载报告	下载统计