kegggraph

doi:10.18129/b9.bioc.kegggraph

这是发展kegggraph的版本;对于稳定版本,请参阅kegggraph

kegggraph:在R和bioconductor中使用的kegg途径的图形方法

生物导体版本:开发(3.16)

Kegggraph是Kegg途径和图对象之间的接口,也是分析,剖析和可视化这些图形的工具集合。它将定期更新的KGML(KEGG XML)文件解析为维护所有基本途径属性的图形模型。该软件包提供功能,包括解析,图形操作,可视化和等。

作者:Jitao David Zhang,Paul Shannon的投入

维护者:Jitao David Zhang

引用(从r内,输入引用(“ kegggraph”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 4.2”)并输入:

if(!quired(“ Biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ Biocmanager”)#以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install(version = devel ='devel')biocmanager :: install(“ kegggraph”)的用法

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

browsevignettes(“ kegggraph”)

PDF R脚本 kegggraph:应用程序示例
PDF R脚本 kegggraph:kegg途径的图形方法
PDF 参考手册
文本 消息

细节

生物浏览 GraphandNetwork,,,,kegg,,,,途径,,,,软件,,,,可视化
版本 1.57.0
在生物导体中 Bioc 2.4(R-2.9)(13年)
执照 GPL(> = 2)
要看 R(> = 3.5.0)
进口 方法,XML(> = 2.3-0),图形,utils,rcurl,,,,rgraphviz
链接
建议 rbgl,,,,测试,,,,rcolorbrewer,org.hs.eg.db,hgu133plus2.db,Spia
系统要求
增强
URL http://www.nextbiomotif.com
取决于我 隆顿,,,,Spia
进口我 快船,,,,degraph,,,,富集兄弟,,,,kegglincs,,,,代谢信号,,,,mwastools,,,,ncigraph,,,,PathView,,,,PFP
建议我 degraph,,,,基因组机
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 kegggraph_1.57.0.tar.gz
Windows二进制 kegggraph_1.57.0.zip
MacOS 10.13(高山脉) kegggraph_1.57.0.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/kegggraph
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:包装/kegggraph
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/kegggraph/
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