IsoformSwitchAnalyzeR

DOI:10.18129 / B9.bioc.IsoformSwitchAnalyzeR

这是发展IsoformSwitchAnalyzeR版本;稳定版请参见IsoformSwitchAnalyzeR．

从短读和长读RNA-seq数据识别，注释和可视化具有功能后果的替代剪接和异构体开关。

Bioconductor版本:开发(3.16)

通过Kallisto、Salmon、StringTie、Cufflinks/Cuffdiff等工具对所有类型的RNASeq进行量化，分析具有预测功能后果的替代剪接和异构体开关(例如蛋白质结构域的获得/丢失等)。

作者:Kristoffer Vitting-Seerup [cre, aut]

维护者:Kristoffer Vitting-Seerup 上浇浇

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("IsoformSwitchAnalyzeR")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“IsoformSwitchAnalyzeR”)

超文本标记语言	R脚本	IsoformSwitchAnalyzeR
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	AlternativeSplicing,注释,BatchEffect,BiomedicalInformatics,DataImport,DifferentialExpression,DifferentialSplicing,FunctionalGenomics,FunctionalPrediction,GeneExpression,GenePrediction,ImmunoOncology,MultipleComparison,RNASeq,软件,StatisticalMethod,SystemsBiology,转录,TranscriptomeVariant,转录组,可视化
版本	1.19.0
在Bioconductor	BioC 3.6 (R-3.4)(4.5年)
许可证	GPL (>= 2)
取决于	R (>= 3.6)，limma,DEXSeq,ggplot2
进口	方法,BSgenome,plyr,reshape2,gridExtra,Biostrings(> = 2.50.0),IRanges,GenomicRanges,DRIMSeq,RColorBrewer,rtracklayer,维恩图,DBI， grDevices，图形，统计，utils，GenomeInfoDb、网格tximport(> = 1.7.1上),tximeta(> = 1.7.12),刨边机,futile.logger,stringr,dplyr,magrittr,readr,宠物猫,XVector,BiocGenerics,RCurl,Biobase
链接
建议	knitr,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/IsoformSwitchAnalyzeR/
BugReports	https://github.com/kvittingseerup/IsoformSwitchAnalyzeR/issues
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	IsoformSwitchAnalyzeR_1.19.0.tar.gz
Windows二进制	IsoformSwitchAnalyzeR_1.19.0.zip(64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	IsoformSwitchAnalyzeR_1.19.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/IsoformSwitchAnalyzeR
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/IsoformSwitchAnalyzeR
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/IsoformSwitchAnalyzeR/
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