IntramiRExploreR

DOI:10.18129 / B9.bioc.IntramiRExploreR

这是发展IntramiRExploreR的版本;稳定版请参见IntramiRExploreR．

预测果蝇基因内miRNAs的靶点

Bioconductor版本:开发(3.16)

Intra-miR-ExploreR是一种综合miRNA靶标预测生物信息学工具，结合给定microRNA (miR)的表达和生物物理相互作用来识别靶标。使用该工具，我们利用来自Affymetrix 1和Affymetrix2微阵列阵列平台的可用微阵列表达数据，在D. melanogaster中鉴定了92个基因内miR靶点，为果蝇基因内miR靶点提供了一个全局视角。使用DAVID基因本体工具根据生物功能对预测目标进行分组，并基于生物相关评分系统进行排名，使用户能够识别给定miR的功能相关目标。

作者:Surajit Bhattacharya和Daniel Cox

维护者:Surajit Bhattacharya

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("IntramiRExploreR")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“IntramiRExploreR”)

超文本标记语言	R脚本	IntramiRExploreR
PDF		IntramiRExploreR.pdf
PDF		参考手册

细节

biocViews	GeneExpression，GenePrediction，GeneTarget，微阵列，软件，StatisticalMethod
版本	1.19.0
在Bioconductor	BioC 3.6 (R-3.4)(4.5年)
许可证	GPL-2
取决于	R (>= 3.4)
进口	igraph(> = 1.0.1),FGNet(> = 3.0.7),knitr(>= 1.12.3)， stats, utils, grDevices，图形
链接
建议	gProfileR，topGO，org.Dm.eg.db，rmarkdown，testthat
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/VilainLab/IntramiRExploreR
BugReports	https://github.com/VilainLab/IntramiRExploreR
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	IntramiRExploreR_1.19.0.tar.gz
Windows二进制	IntramiRExploreR_1.19.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	IntramiRExploreR_1.19.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/IntramiRExploreR
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/IntramiRExploreR
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/IntramiRExploreR/
软件包下载报告	下载数据