感兴趣

DOI:10.18129 / B9.bioc.IntEREst

这是发展版本的兴趣;稳定的发布版本,请参阅感兴趣。

Intron-Exon保留估计量

Bioconductor版本:发展(3.16)

这个包对RNA-seq数据(执行Intron-Exon保留分析。bam文件)。

作者:阿里Oghabian <。Oghabian赫尔辛基。Fi >,达里奥·格列柯<达里奥。希腊在赫尔辛基。fi >, Mikko Frilander < Mikko。在helsinki.fi Frilander >

维护人员:阿里Oghabian <。Oghabian赫尔辛基。Fi >, Mikko Frilander < Mikko。在helsinki.fi Frilander >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“利益”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes(“利益”)

HTML	R脚本	兴趣,内含子外显子保留估计量
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	对齐,AlternativeSplicing,报道,DifferentialExpression,DifferentialSplicing,ImmunoOncology,归一化,RNASeq,测序,软件
版本	1.21.1
Bioconductor自	BioC 3.5 (r - 3.4)(5.5年)
许可证	GPL-2
取决于	R (> = 3.5.0),GenomicRanges,Rsamtools,SummarizedExperiment,刨边机,S4Vectors
进口	seqLogo,Biostrings,GenomicFeatures(> = 1.39.4),IRanges,seqinr、图形、grDevices统计,跑龙套,网格,方法,DBI,RMySQL,GenomicAlignments,BiocParallel,BiocGenerics,DEXSeq,DESeq2
链接
建议	clinfun,knitr,rmarkdown,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	IntEREst_1.21.1.tar.gz
Windows二进制	IntEREst_1.21.1.zip
macOS 10.13(高山脉)	IntEREst_1.21.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/IntEREst
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/利益
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/IntEREst/
包下载报告	下载数据