InTAD

DOI:10.18129 / B9.bioc.InTAD

这是发展InTAD版本;稳定版请参见InTAD．

寻找TADs表观遗传信号与基因表达的相关性

Bioconductor版本:开发(3.16)

该包专注于检测表达基因和所选表观基因组信号(即从ChIP-seq数据中获得的增强子)之间的相关性，无论是在拓扑相关域(TADs)内还是在染色质接触环锚点之间。可以控制各种参数来研究外部因素的影响，并为每个分析步骤提供可视化图。

作者:Konstantin Okonechnikov, Serap Erkek, lucas Chavez

维护者:Konstantin Okonechnikov

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("InTAD")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“InTAD”)

超文本标记语言	R脚本	TADs表观遗传信号与基因的相关性
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ChIPSeq，表观遗传学，GeneExpression，嗝，ImmunoOncology，RNASeq，测序，软件
版本	1.17.0
在Bioconductor	BioC 3.7 (R-3.5)(4年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R(>= 3.5)，方法，S4Vectors，IRanges，GenomicRanges，MultiAssayExperiment，SummarizedExperiment,统计数据
进口	BiocGenerics，Biobase，rtracklayer，并行，图形，mclust，qvalue，ggplot2跑龙套,ggpubr
链接
建议	testthat，BiocStyle，knitr，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	InTAD_1.17.0.tar.gz
Windows二进制	InTAD_1.17.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	InTAD_1.17.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/InTAD
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/InTAD
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/InTAD/
软件包下载报告	下载数据