电离

DOI:10.18129 / B9.bioc.IONiseR

这是发展IONiseR版本;稳定版请参见电离．

牛津纳米孔MinION数据的质量评估工具

Bioconductor版本:开发(3.17)

IONiseR为Oxford Nanopore MinION数据的质量评估提供了工具。它从一组fast5文件中提取汇总统计信息，可以在基本调用之前或之后使用。除了产生的读取类型的标准摘要之外，它还提供了一些图表，用于可视化相对于实验运行时或流单元表面的空间度量。

作者:Mike Smith [aut, cre]

维护者:Mike Smith

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("IONiseR")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“电离”)

超文本标记语言	R脚本	纳米孔数据质量评估工具
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	DataImport，质量控制，测序，软件
版本	2.23.0
在Bioconductor	BioC 3.2 (R-3.2)(7年)
许可证	MIT +文件许可证
取决于	R (>= 3.4)
进口	rhdf5，dplyr，magrittr，tidyr，ShortRead，Biostrings，ggplot2、方法、BiocGenerics，XVector，宠物猫统计数据,BiocParallel，bit64，stringr,跑龙套
链接
建议	BiocStyle，knitr，rmarkdown，gridExtra，testthat，minionSummaryData
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	IONiseR_2.23.0.tar.gz
Windows二进制
macOS二进制文件(x86_64)
macOS二进制文件(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/IONiseR
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/IONiseR
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/IONiseR/
软件包下载报告	下载数据