ILoReg

DOI:10.18129 / B9.bioc.ILoReg

这是发展ILoReg版本;稳定的发布版本,请参阅ILoReg。

ILoReg:高分辨率细胞群从scRNA-Seq数据识别的工具

Bioconductor版本:发展(3.17)

ILoReg工具从scRNA-seq数据识别的细胞群。特别是ILoReg寻找有用细胞群与微妙的转录组的差异。该方法利用self-supervised学习方法,称为Iteratitive集群投影(ICP),找到集群概率,用于降噪前PCA和随后的层次聚类和t-SNE步骤。此外,函数微分表达式分析找到种群的基因标记和基因表达可视化。

作者:约翰Smolander (cre, aut], Sini Junttila (aut) Mikko年代Venalainen (aut), Laura L值得信赖(aut)

维护人员:约翰Smolander <约翰内斯。在gmail.com smolander >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“ILoReg”)

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HTML	R脚本	ILoReg包手册
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细节

biocViews	聚类,DataRepresentation,DifferentialExpression,DimensionReduction,GeneExpression,RNASeq,SingleCell,软件,转录,转录组,可视化
版本	1.9.0
Bioconductor自	BioC 3.12 (r - 4.0)(2年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 4.0.0)
进口	矩阵平行,foreach,aricode,LiblineaR,SparseM,ggplot2,cowplot,RSpectra,umap,Rtsne,fastcluster,parallelDist,集群,dendextend,DescTools,plyr,尺度,pheatmap,reshape2,dplyr,doRNG,SingleCellExperiment,SummarizedExperiment,S4Vectors、方法、统计数据doSNOW,跑龙套
链接
建议	knitr,rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/elolab/ILoReg
BugReports	https://github.com/elolab/ILoReg/issues
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包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	ILoReg_1.9.0.tar.gz
Windows二进制	ILoReg_1.9.0.zip
macOS二进制(x86_64)	ILoReg_1.9.0.tgz
macOS二进制(arm64)	ILoReg_1.9.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ILoReg
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ ILoReg
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/ILoReg/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ILoReg/
包下载报告	下载数据