HubPub

这是发展HubPub版本;稳定的发布版本,请参阅HubPub。

实用工具来创建和使用Bioconductor中心

Bioconductor版本:发展(3.18)

HubPub帮助Bioconductor中心为用户提供了功能结构。包能够创建一个骨架中心风格的包,用户可以填充必要的信息。也有功能来帮助将资源添加到中心包元数据文件以及将数据发布到Bioconductor S3 bucket。

作者:凯拉Interdonato (aut (cre),马丁·摩根(aut)

维护人员:凯拉Interdonato <凯拉。莫雷尔在roswellpark.org >

从内部引用(R,回车引用(“HubPub”)):

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“HubPub”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“HubPub”)

HTML	R脚本	创建一个中心包:ExperimentHub或AnnotationHub
HTML	R脚本	HubPub:帮助出版中心包
PDF		参考手册
文本		新闻

biocViews	DataImport,基础设施,软件,ThirdPartyClient
版本	1.9.0
Bioconductor自	BioC 3.13 (r - 4.1)(2年)
许可证	艺术- 2.0
取决于
进口	usethis可用,biocthis、dplyr aws。s3, fs, BiocManager跑龙套
链接
建议	AnnotationHubData,ExperimentHubData,knitr testthat rmarkdown,BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/Bioconductor/HubPub/issues
取决于我
进口我
建议我	AnnotationHub,AnnotationHubData,ExperimentHub,ExperimentHubData
我的链接
构建报告

遵循bob 体育网址指示在R会话中使用这个包。

源包	HubPub_1.9.0.tar.gz
Windows二进制	HubPub_1.9.0.zip
macOS二进制(x86_64)	HubPub_1.9.0.tgz
macOS二进制(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/HubPub
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ HubPub
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/HubPub/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/HubPub/
包下载报告	下载数据

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