希尔达

DOI:10.18129 / B9.bioc.HiLDA

这是发展希尔达的版本;稳定的发布版本,请参阅希尔达。

进行统计推断比较突变的突变接触签名通过使用分层潜在狄利克雷分配

Bioconductor版本:发展(3.17)

包构建应用分层贝叶斯框架下的潜在狄利克雷分配。它统计测试突变的突变曝光是否签名(Shiraishi-model签名)两组之间是不同的。包还提供了推理和可视化。

作者:杨(aut (cre),祐一受伤(施)

维护人员:杨之< zyang895 gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“希尔达”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

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HTML	R脚本	介绍希尔达
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细节

biocViews	贝叶斯,测序,软件,SomaticMutation,StatisticalMethod
版本	1.13.0
Bioconductor自	BioC 3.10 (r - 3.6)(3年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 4.1),ggplot2
进口	R2jags,abind,cowplot、网格forcats,stringr,GenomicRanges,S4Vectors,XVector,Biostrings,GenomicFeatures,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,BiocGenerics,tidyrgrDevices统计数据,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene、跑龙套、方法Rcpp
链接	Rcpp
建议	knitr,rmarkdown,testthat,BiocStyle
SystemRequirements	缺口4.0.0
增强了
URL	https://github.com/USCbiostats/HiLDAhttps://doi.org/10.1101/577452
BugReports	https://github.com/USCbiostats/HiLDA/issues
取决于我
进口我	selectKSigs
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	HiLDA_1.13.0.tar.gz
Windows二进制	HiLDA_1.13.0.zip
macOS二进制(x86_64)	HiLDA_1.13.0.tgz
macOS二进制(arm64)	HiLDA_1.13.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/HiLDA
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ HiLDA
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/HiLDA/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/HiLDA/
包下载报告	下载数据