HiContacts

DOI:10.18129 / B9.bioc.HiContacts

这是发展HiContacts版本;稳定版请参见HiContacts．

HiContacts:冷却文件的R接口

Bioconductor版本:开发(3.17)

HiContacts: R接口(m)酷文件和其他Hi-C处理的文件格式。HiContacts提供了一系列工具来分析和可视化Hi-C数据集。它可以从pair或(m)cool文件中导入数据。

作者:Jacques Serizay [aut, cre]

维护者:Jacques Serizay

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("HiContacts")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“HiContacts”)

超文本标记语言	R脚本	HiContacts简介
PDF		参考手册
文本		许可证

细节

biocViews	DNA3DStructure，DataImport，嗝，软件
版本	1.1.0
在Bioconductor	BioC 3.16 (R-4.2)(< 6个月)
许可证	MIT +文件许可证
取决于	R (>= 4.2)
进口	HiContactsData，InteractionSet，GenomicInteractions，GenomicRanges，IRanges，GenomeInfoDb，S4Vectors，BiocGenerics、方法、rhdf5，矩阵，发呜呜声，宠物猫，tidyr，dplyr，胶水，stringr，网状，ggplot2，ggrastr，尺度
链接
建议	cowplot，testthat(> = 3.0.0),BiocStyle，knitr，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/js2264/HiContacts
BugReports	https://github.com/js2264/HiContacts/issues
全靠我
进口我
建议我	HiCExperiment，HiCool
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	HiContacts_1.1.0.tar.gz
Windows二进制	HiContacts_1.1.0.zip(64位)
macOS二进制文件(x86_64)	HiContacts_1.1.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	HiContacts_1.1.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/HiContacts
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/HiContacts
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/HiContacts/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/HiContacts/
软件包下载报告	下载数据