HiCExperiment

DOI:10.18129 / B9.bioc.HiCExperiment

这是发展HiCExperiment版本;稳定的发布版本,请参阅HiCExperiment。

在R Bioconductor类相互作用高c文件

Bioconductor版本:发展(3.18)

R通用接口高c联系矩阵。(m)酷,”。嗝”或HiC-Pro导出格式,以及其他高c处理的文件格式。联系矩阵可以使用一个随机存取方法,部分解析高c数据的节省内存允许表示在r .“HiCExperiment”类存储高c联系人从当地联系矩阵解析文件。HiCExperiment的实例可以进一步研究R使用“HiContacts”分析的包。

作者:雅克Serizay (aut (cre)

维护人员:雅克Serizay < jacquesserizay gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“HiCExperiment”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“HiCExperiment”)

HTML	R脚本	介绍HiCExperiment
PDF		参考手册
文本		许可证

细节

biocViews	DNA3DStructure,DataImport,嗝,软件
版本	1.1.0
Bioconductor自	BioC 3.17 (r - 4.3)(< 6个月)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 4.2)
进口	InteractionSetstrawr,GenomeInfoDb,GenomicRanges,IRanges,S4Vectors,BiocGenerics,BiocIO,BiocParallel、方法、rhdf5、矩阵、发呜呜声dplyr,统计数据
链接
建议	HiContacts,HiContactsData,BiocFileCache,rtracklayertestthat (> = 3.0.0),BiocStyle、knitr rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/js2264/HiCExperiment
BugReports	https://github.com/js2264/HiCExperiment/issues
取决于我	DNAZooData,HiContacts,HiCool
进口我	fourDNData
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	HiCExperiment_1.1.0.tar.gz
Windows二进制	HiCExperiment_1.1.0.zip(64位)
macOS二进制(x86_64)	HiCExperiment_1.1.0.tgz
macOS二进制(arm64)	HiCExperiment_1.1.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/HiCExperiment
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ HiCExperiment
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/HiCExperiment/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/HiCExperiment/
包下载报告	下载数据