HiCDOC

DOI:10.18129 / B9.bioc.HiCDOC

这是发展HiCDOC版本;稳定的发布版本,请参阅HiCDOC。

A / B室检测和鉴别分析

Bioconductor版本:发展(3.18)

HiCDOC规范化染色体内高c矩阵,使用无监督学习来预测A / B隔间从多个复制,和检测舱的重大变化之间的实验条件。它提供了一组功能组装到一个管道过滤和规范化数据,预测隔间和可视化结果。它接受几个类型的数据:表格”。tsv文件、冷却器。酷”或“。mcool文件、榨汁机。嗝”文件或HiC-Pro”。矩阵”和“。床上的文件。

作者:Kurylo西里尔(aut) Zytnicki马提亚(aut) Foissac Sylvain (aut) Maigne伊莉斯(aut (cre)

维护人员:Maigne爱丽丝<爱丽丝。在inrae.fr maigne >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“HiCDOC”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“HiCDOC”)

HTML	R脚本	HiCDOC
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	聚类,DNA3DStructure,嗝,归一化,测序,软件
版本	1.3.0
Bioconductor自	BioC 3.16 (r - 4.2)(0.5年)
许可证	LGPL (> = 3)
取决于	InteractionSet,GenomicRanges,SummarizedExperimentR (> = 4.1.0)
进口	方法,zlibbioc、ggplot2 Rcpp(> = 0.12.8),统计数据,S4Vectorsgtools pbapply,BiocParallel,BiocGenerics,rhdf5、网格、ggpubr gridExtra、ggExtra data.table,multiHiCcompare,GenomeInfoDb
链接	Rcpp
建议	knitr、rmarkdown testthat,BiocStyle,BiocManager
SystemRequirements	c++ 11
增强了
URL	https://github.com/mzytnicki/HiCDOC
BugReports	https://github.com/mzytnicki/HiCDOC/issues
取决于我
进口我	treediff
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	HiCDOC_1.3.0.tar.gz
Windows二进制	HiCDOC_1.3.0.zip
macOS二进制(x86_64)	HiCDOC_1.3.0.tgz
macOS二进制(arm64)	HiCDOC_1.3.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/HiCDOC
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ HiCDOC
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/HiCDOC/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/HiCDOC/
包下载报告	下载数据