HiCDCPlus

DOI:10.18129 / B9.bioc.HiCDCPlus

这是发展HiCDCPlus版本;稳定版请参见HiCDCPlus．

Hi-C直拨电话+

Bioconductor版本:开发(3.17)

Hi-C和HiChIP系统三维交互调用及差分分析。HiC-DC+ (Hi-C/HiChIP直接呼叫者+)包可以对Hi-C和HiChIP数据集进行有原则的统计分析，包括在单个实验中调用重要的相互作用，并在给定重复实验的条件之间进行差异分析，以促进全球综合研究。HiC-DC+通过训练背景模型来解释随机聚合物连接和读计数变化的系统来源，直接从每个染色体的原始接触矩阵估计Hi-C或HiChIP实验中的重要相互作用，直到指定的基因组距离，由统一的基因组间隔或限制性内切酶片段分类。

作者:Merve Sahin [cre, aut]

维护者:Merve Sahin < Merve。Sahn在gmail.com>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("HiCDCPlus")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“HiCDCPlus”)

超文本标记语言	R脚本	用HiCDCPlus分析Hi-C和HiChIP数据
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DNA3DStructure，嗝，归一化，软件
版本	1.7.0
在Bioconductor	BioC 3.13 (R-4.1)(1.5年)
许可证	GPL-3
取决于
进口	Rcpp，InteractionSet，GenomicInteractions，bbmle，pscl，BSgenome，data.table，dplyr，tidyr，GenomeInfoDb，rlang样条函数,质量，GenomicRanges，IRanges，宠物猫，R.utils，Biostrings，rtracklayer、方法、S4Vectors
链接	Rcpp
建议	BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm9，BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38，RUnit，BiocGenerics，knitr，rmarkdown，HiTC，DESeq2，矩阵，BiocFileCache，rappdirs
SystemRequirements	JRE 8 +
增强了	平行
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	HiCDCPlus_1.7.0.tar.gz
Windows二进制	HiCDCPlus_1.7.0.zip(64位)
macOS二进制文件(x86_64)	HiCDCPlus_1.7.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	HiCDCPlus_1.7.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/HiCDCPlus
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/HiCDCPlus
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/HiCDCPlus/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/HiCDCPlus/
软件包下载报告	下载数据