HiCBricks

DOI:10.18129 / B9.bioc.HiCBricks

这是发展HiCBricks版本;稳定版请参见HiCBricks．

通过HDF文件存储和访问Hi-C数据的框架

Bioconductor版本:开发(3.17)

HiCBricks是一个用于处理大型高分辨率Hi-C数据集的库。多年来，Hi-C领域在数据集的规模和复杂性方面经历了快速增长。HiCBricks旨在克服在R环境中分析如此大的数据集所面临的挑战。HiCBricks为处理大型高分辨率Hi-C数据集提供了用户友好和高效的解决方案。该软件包提供了一个R/Bioconductor框架，用于构建更复杂的数据分析管道和算法。HiCBricks已经集成了用于调用高质量数据可视化的域边界和函数的示例算法。

作者:Koustav Pal [aut, cre]， Carmen Livi [ctb]， Ilario Tagliaferri [ctb]

维护者:Koustav Pal < Koustav。朋友在ifom.eu>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("HiCBricks")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“HiCBricks”)

超文本标记语言	R脚本	IntroductionToHiCBricks.html
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	DataImport，嗝，基础设施，测序，软件，技术
版本	1.17.0
在Bioconductor	BioC 3.8 (R-3.5)(4年)
许可证	MIT +文件许可证
取决于	R (>= 3.6)， utils，旋度，rhdf5，R6、网格
进口	ggplot2，冬青，RColorBrewer，尺度，reshape2，stringr，data.table，GenomeInfoDb，GenomicRanges统计数据,IRangesgrDevices,S4Vectors，消化，宠物猫，jsonlite，BiocParallel，R.utils，readr、方法
链接
建议	BiocStyle，knitr，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	HiCBricks_1.17.0.tar.gz
Windows二进制	HiCBricks_1.17.0.zip(64位)
macOS二进制文件(x86_64)	HiCBricks_1.17.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	HiCBricks_1.17.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/HiCBricks
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/HiCBricks
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/HiCBricks/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/HiCBricks/
软件包下载报告	下载数据