Harshlight

DOI:10.18129 / B9.bioc.Harshlight

这是发展Harshlight版本;稳定的发布版本,请参阅Harshlight。

微阵列芯片的“纠正化妆”计划

Bioconductor版本:发展(3.14)

包是用来检测扩展、扩散和紧凑的微阵列芯片上的瑕疵。Harshlight自动标志着地区一批芯片(affybatch对象)和纠正affybatch对象返回,叛逃的区域替换与NAs或中位数的值相同的集合中的其他芯片探针。新版本处理替代值作为整个矩阵来解决内存问题。

作者:Mayte Suarez-Farinas Maurizio Pellegrino,克努特·m·Wittkowski马塞洛·o·马尼亚斯科领导

维护人员:Maurizio Pellegrino < mpellegri berkeley.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“Harshlight”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“Harshlight”)

PDF	R脚本	Harshlight
PDF		参考手册

细节

biocViews	微阵列,OneChannel,预处理,质量控制,ReportWriting,软件
版本	1.65.0
Bioconductor自	BioC 1.9 (r - 2.4)(14.5年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (> = 2.10)
进口	affy,altcdfenvs,Biobase统计,跑龙套
链接
建议
SystemRequirements
增强了
URL	http://asterion.rockefeller.edu/Harshlight/
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	Harshlight_1.65.0.tar.gz
Windows二进制	Harshlight_1.65.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13(高山脉)	Harshlight_1.65.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/Harshlight
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ Harshlight
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/Harshlight/
包下载报告	下载数据