哈曼

DOI:10.18129 / B9.bioc.Harman

这是发展哈曼的版本;稳定的发布版本,请参阅哈曼。

批处理效果的去除数据集使用基于PCA和约束优化技术

Bioconductor版本:发展(3.17)

哈曼是一个基于PCA和约束优化技术,最大化的批处理从数据集的影响,与约束过校正的概率(即消除真正的生物信号以及批处理噪声)是由最终用户设置的一小部分。

作者:Yalchin Oytam (aut),乔什·鲍登(aut),贾森·罗斯(aut (cre)

维修工:杰森·罗斯<杰森。罗斯在csiro.au >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“哈曼”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

哈曼browseVignettes (“”)

HTML	R脚本	IntroductionToHarman
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	BatchEffect,DNAMethylation,微阵列,MultipleComparison,归一化,预处理,PrincipalComponent,软件,StatisticalMethod,转录
版本	1.27.0
Bioconductor自	BioC 3.3 (r - 3.3)(6.5年)
许可证	GPL-3 +文件许可证
取决于	R (> = 3.6)
进口	Rcpp(> = 0.11.2)、图形数据,Ckmeans.1d.dp、并行、方法matrixStats
链接	Rcpp
建议	HarmanData,BiocGenerics,BiocStyle,knitr,rmarkdown,RUnit,RColorBrewer,bladderbatch,limma,minfi,光民,msmsEDA,affydata,minfiData,股东价值分析
SystemRequirements
增强了
URL	http://www.bioinformatics.csiro.au/harman/
取决于我
进口我	debrowser
建议我	HarmanData
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	Harman_1.27.0.tar.gz
Windows二进制	Harman_1.27.0.zip
macOS二进制(x86_64)	Harman_1.27.0.tgz
macOS二进制(arm64)	Harman_1.27.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/Harman
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/哈曼
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/Harman/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/Harman/
包下载报告	下载数据