HPiP

DOI:10.18129 / B9.bioc.HPiP

这是发展HPiP版本;稳定的发布版本,请参阅HPiP。

Host-Pathogen相互作用预测

Bioconductor版本:发展(3.18)

HPiP宿主-病原体相互作用(预测)使用一个宿主-病原体蛋白质相互作用预测学习算法(HP-PPIs)利用氨基酸的结构和物理化学描述符计算宿主和病原体蛋白质的组成。该方案可以有效地解决数据短缺HP-PPI网络重构和数据不可用。此外,建立计算框架在这方面将揭示机械的见解传染病和建议潜在HP-PPI目标,从而为后续的范围缩小可能的候选人湿实验室实验验证。

作者:Matineh Rahmatbakhsh (aut, trl cre),汉先生(领导)

维护人员:Matineh Rahmatbakhsh < matinerb。94年gmail.com >

安装

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如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“HPiP”)

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文档

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HTML	R脚本	介绍HPiP
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文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	GenePrediction,网络,NetworkInference,蛋白质组学,软件,StructuralPrediction,SystemsBiology
版本	1.7.0
Bioconductor自	BioC 3.14 (r - 4.1)(1.5年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 4.1)
进口	dplyr (> = 1.0.6) httr (> = 1.4.2) readr, tidyr,宠物猫,跑龙套,stringr, magrittr,插入符号,corrplot, ggplot2, pROC, PRROC, igraph,图形、属性、purrr, grDevices, protr,恢复期
链接
建议	色彩,rmarkdown e1071 kernlab,管理员,SummarizedExperiment,Biostrings,gprofiler2 randomForest gridExtra ggthemes,BiocStyle,BiocGenericsRUnit,工具,knitr
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/mrbakhsh/HPiP
BugReports	https://github.com/mrbakhsh/HPiP/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	HPiP_1.7.0.tar.gz
Windows二进制	HPiP_1.7.0.zip
macOS二进制(x86_64)	HPiP_1.7.0.tgz
macOS二进制(arm64)	HPiP_1.7.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/HPiP
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ HPiP
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/HPiP/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/HPiP/
包下载报告	下载数据