- 家
- Bioconductor 3.16
- 软件包
- HMMcopy(开发版)
HMMcopy
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DOI:10.18129 / B9.bioc.HMMcopy
这是发展HMMcopy版本;稳定的发布版本,请参阅HMMcopy。
拷贝数预测与GC和高温超导mappability偏差校正数据
Bioconductor版本:发展(3.16)
纠正GC和readcounts mappability偏见(即覆盖)在非重叠窗口固定长度的单全基因组样本,产生一个粗略的估计的拷贝数进行进一步分析。设计快速校正的高覆盖率全基因组肿瘤和正常样本。
作者:丹尼尔·赖加文·哈,索拉博沙
维护人员:丹尼尔赖<达赖在bccrc.ca >
从内部引用(R,回车引用(“HMMcopy”)):
安装
安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“HMMcopy”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
文档
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“HMMcopy”)
| R脚本 | HMMcopy | |
| 参考手册 |
细节
| biocViews | CopyNumberVariation,微阵列,预处理,测序,软件,可视化 |
| 版本 | 1.39.0 |
| Bioconductor自 | BioC 2.11 (r - 2.15)(10年) |
| 许可证 | GPL-3 |
| 取决于 | R (> = 2.10.0),data.table(> = 1.11.8) |
| 进口 | |
| 链接 | |
| 建议 | |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | |
| 取决于我 | |
| 进口我 | qsea |
| 建议我 | |
| 我的链接 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
| 源包 | HMMcopy_1.39.0.tar.gz |
| Windows二进制 | HMMcopy_1.39.0.zip |
| macOS二进制(x86_64) | HMMcopy_1.39.0.tgz |
| macOS二进制(arm64) | HMMcopy_1.39.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/HMMcopy |
| 源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ HMMcopy |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/HMMcopy/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
