HIREewas

DOI:10.18129 / B9.bioc.HIREewas

这是发展HIREewas版本;稳定版请参见HIREewas．

全表观基因组关联研究中细胞类型特异性风险- cpg位点的检测

Bioconductor版本:开发(3.17)

在表观基因组全关联研究中，每个样本的测量信号是来自不同细胞类型的甲基化谱的混合物。目前的关联检测方法仅声称一个胞嘧啶-磷酸-鸟嘌呤(cytosin -phosphate-guanine, CpG)位点与表型是否相关，但无法确定该风险-CpG位点受表型影响的细胞类型。我们提出了一种可靠的统计方法，高分辨率(HIRE)，与现有方法相比，它不仅在聚合水平上大大提高了关联检测的能力，而且还能够检测单个细胞类型的风险- cpg位点。“HIREewas”R包是在R中实现HIRE模型。

作者:罗翔宇，杨灿

维护人员:Xiangyu Luo

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("HIREewas")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“HIREewas”)

PDF	R脚本	HIREewas
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DNAMethylation，DifferentialMethylation，FeatureExtraction，软件
版本	1.17.0
在Bioconductor	BioC 3.8 (R-3.5)(4年)
许可证	GPL (>= 2)
取决于	R (>= 3.5.0)
进口	quadprog，gplots， grDevices, stats
链接
建议	BiocStyle，knitr，BiocGenerics
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	HIREewas_1.17.0.tar.gz
Windows二进制	HIREewas_1.17.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	HIREewas_1.17.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	HIREewas_1.17.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/HIREewas
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/HIREewas
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/HIREewas/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/HIREewas/
软件包下载报告	下载数据