河马

DOI:10.18129 / B9.bioc.HIPPO

这是发展河马的版本;稳定的发布版本,请参阅河马。

Heterogeneity-Induced预处理工具

Bioconductor版本:发展(3.14)

对于scRNA-seq数据,它选择特性和集群的细胞同时为单细胞UMI数据。它有一个新的特征选择方法使用零通胀而不是基因变异,并且计算速度比其他现有的方法,因为它只依赖于PCA + Kmeans集群而不是graph-clustering或共识。

作者:Tae金(aut (cre) Mengjie陈(aut)

维修工:Kim Tae < tk382 uchicago.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“河马”)

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文档

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browseVignettes(“河马”)

HTML	R脚本	实例分析
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文本		新闻

细节

biocViews	聚类,DifferentialExpression,GeneExpression,测序,SingleCell,软件
版本	1.5.0
Bioconductor自	BioC 3.11 (r - 4.0)(1年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (> = 3.6.0)
进口	ggplot2、图表、数据、reshape2,gridExtra,Rtsne,umap,dplyr,rlang,magrittr,irlba,矩阵,SingleCellExperiment,ggrepel
链接
建议	knitr,rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/tk382/HIPPO
BugReports	https://github.com/tk382/HIPPO/issues
取决于我
进口我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	HIPPO_1.5.0.tar.gz
Windows二进制	HIPPO_1.5.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	HIPPO_1.5.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/HIPPO
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/河马
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/HIPPO/
包下载报告	下载数据