HIBAG

DOI:10.18129 / B9.bioc.HIBAG

这是发展HIBAG版本;稳定的发布版本,请参阅HIBAG。

HLA基因型归罪与属性装袋

Bioconductor版本:发展(3.17)

背景使用GWAS经典HLA等位基因SNP数据,它依赖于HLA和SNP基因型的训练集。HIBAG发表的研究人员可以使用参数估计,而不是需要访问大量训练样本数据集。它集装袋的概念属性,一个分类器的方法,与单体型推断单核苷酸多态性和HLA类型。属性装袋是一种技术,可以提高分类器的精度和稳定性乐团使用引导聚合和随机变量的选择。

作者:Xiuwen郑(cre, aut cph],布鲁斯堰(施,黑色)

维护人员:Xiuwen郑< zhengx u.washington.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“HIBAG”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

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HTML	R脚本	HIBAG算法实现
HTML	R脚本	HIBAG装饰图案的html
HTML	R脚本	HLA协会装饰图案的html
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文本		新闻

细节

biocViews	遗传学,软件,StatisticalMethod
版本	1.35.2
Bioconductor自	BioC 3.1 (r - 3.2)(8年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 3.2.0)
进口	方法,RcppParallel
链接	RcppParallel(> = 5.0.0)
建议	平行,ggplot2,reshape2,gdsfmt,SNPRelate,SeqArray,knitr,减价,rmarkdown
SystemRequirements	GNU c++ 11日
增强了
URL	https://github.com/zhengxwen/HIBAGhttps://hibag.s3.amazonaws.com/index.html
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	HIBAG_1.35.2.tar.gz
Windows二进制	HIBAG_1.35.2.zip
macOS二进制(x86_64)	HIBAG_1.35.2.tgz
macOS二进制(arm64)	HIBAG_1.35.2.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/HIBAG
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ HIBAG
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/HIBAG/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/HIBAG/
包下载报告	下载数据