HDF5Array

DOI:10.18129 / B9.bioc.HDF5Array

这是发展HDF5Array版本;稳定版请参见HDF5Array．

DelayedArray对象的HDF5后端

Bioconductor版本:开发(3.16)

实现HDF5Array, H5SparseMatrix, H5ADMatrix和TENxMatrix类，4个方便和内存高效的数组类容器，用于表示和操作:(1)传统的(也就是密集的)HDF5数据集，(2)HDF5稀疏矩阵(存储在CSR/CSC/Yale格式)，(3)h5ad文件的中心矩阵(或/layers组中的任何矩阵)，或(4)10x基因组稀疏矩阵。所有这些容器都是DelayedArray扩展，因此支持DelayedArray对象支持的所有操作(延迟或块处理)。

作者:Hervé Pagès

维护者:Hervé Pagès

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("HDF5Array")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	注释，报道，DataImport，DataRepresentation，GenomeAnnotation，ImmunoOncology，基础设施，RNASeq，测序，SingleCell，软件
版本	1.25.1
在Bioconductor	BioC 3.3 (R-3.3)(6年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(>= 3.4)，方法，DelayedArray(> = 0.15.16),rhdf5(> = 2.31.6)
进口	效用，统计，工具，矩阵，rhdf5filters，BiocGenerics(> = 0.31.5),S4Vectors，IRanges
链接	S4Vectors(> = 0.27.13),Rhdf5lib
建议	BiocParallel，GenomicRanges，SummarizedExperiment(> = 1.15.1),h5vcData，ExperimentHub，TENxBrainData，zellkonverter，GenomicFeatures，RUnit，SingleCellExperiment
SystemRequirements	GNU使
增强了
URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/HDF5Array
BugReports	https://github.com/Bioconductor/HDF5Array/issues
全靠我	compartmap，MAGAR，restfulSEData，TENxBrainData，TENxPBMCData
进口我	biscuiteer，bsseq，Cepo，clusterExperiment，curatedTCGAData，cytomapper，DelayedTensor，DropletUtils，弗雷泽，GenomicScores，glmGamPoi，GSVA，HCAData，imcdatasets，LoomExperiment，MafH5.gnomAD.v3.1.1.GRCh38，MafH5.gnomAD.v3.1.2.GRCh38，methrix，MethylSeqData，minfi，MOFA2，netSmooth，NxtIRFcore，recountmethylation，scmeth，用水晶球占卜，signatureSearch，SingleCellMultiModal，spatialHeatmap，TabulaMurisSenisData，transformGamPoi
建议我	beachmat，BiocSklearn，cellxgenedp，DelayedArray，DelayedMatrixStats，iSEE，桅杆，mbkmeans，metabolomicsWorkbenchR，MuData，MultiAssayExperiment，PDATK，QFeatures，SCArray，scMerge，食物，SummarizedExperiment，zellkonverter
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	HDF5Array_1.25.1.tar.gz
Windows二进制	HDF5Array_1.25.1.zip(64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	HDF5Array_1.25.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/HDF5Array
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/HDF5Array
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/HDF5Array/
软件包下载报告	下载数据