GreyListChIP

DOI:10.18129 / B9.bioc.GreyListChIP

这是发展GreyListChIP版本;稳定的发布版本,请参阅GreyListChIP

灰名单——面具加工品地区基于芯片的输入

Bioconductor版本:发展(3.17)

识别区域的芯片实验的高信号输入,导致虚假的峰值在高峰。消除这些区域读取调整峰打电话之前,对清洁芯片分析。

作者:Gord布朗< gdbzork gmail.com >

维护人员:罗里鲜明的<罗里。斯塔克在cruk.cam.ac.uk >

从内部引用(R,回车引用(“GreyListChIP”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“GreyListChIP”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“GreyListChIP”)

PDF R脚本 从输入生成灰色名单库
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews 对齐,ChIPSeq,报道,DifferentialPeakCalling,GenomeAnnotation,预处理,测序,软件
版本 1.31.0
Bioconductor自 BioC 3.1 (r - 3.2)(7.5年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 R(> = 4.0),方法,GenomicRanges
进口 GenomicAlignments,BSgenome,Rsamtools,rtracklayer,质量平行,GenomeInfoDb,SummarizedExperiment统计,跑龙套
链接
建议 BiocStyle,BiocGenerics,RUnit
SystemRequirements
增强了 BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19
URL
取决于我
进口我 DiffBind,epigraHMM
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包 GreyListChIP_1.31.0.tar.gz
Windows二进制 GreyListChIP_1.31.0.zip(64位)
macOS二进制(x86_64) GreyListChIP_1.31.0.tgz
macOS二进制(arm64)
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GreyListChIP
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ GreyListChIP
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/GreyListChIP/
包下载报告 下载数据

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  • 支持网站——关于Bioconductor包的问题
  • 正常词 开发人员邮件列表,包bob电竞体育官网