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- Bioconductor 3.17
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- GreyListChIP(开发版)
GreyListChIP
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DOI:10.18129 / B9.bioc.GreyListChIP
这是发展GreyListChIP版本;稳定的发布版本,请参阅GreyListChIP。
灰名单——面具加工品地区基于芯片的输入
Bioconductor版本:发展(3.17)
识别区域的芯片实验的高信号输入,导致虚假的峰值在高峰。消除这些区域读取调整峰打电话之前,对清洁芯片分析。
作者:Gord布朗< gdbzork gmail.com >
维护人员:罗里鲜明的<罗里。斯塔克在cruk.cam.ac.uk >
从内部引用(R,回车引用(“GreyListChIP”)):
安装
安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“GreyListChIP”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
文档
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“GreyListChIP”)
| R脚本 | 从输入生成灰色名单库 | |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | 对齐,ChIPSeq,报道,DifferentialPeakCalling,GenomeAnnotation,预处理,测序,软件 |
| 版本 | 1.31.0 |
| Bioconductor自 | BioC 3.1 (r - 3.2)(7.5年) |
| 许可证 | 艺术- 2.0 |
| 取决于 | R(> = 4.0),方法,GenomicRanges |
| 进口 | GenomicAlignments,BSgenome,Rsamtools,rtracklayer,质量平行,GenomeInfoDb,SummarizedExperiment统计,跑龙套 |
| 链接 | |
| 建议 | BiocStyle,BiocGenerics,RUnit |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19 |
| URL | |
| 取决于我 | |
| 进口我 | DiffBind,epigraHMM |
| 建议我 | |
| 我的链接 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
| 源包 | GreyListChIP_1.31.0.tar.gz |
| Windows二进制 | GreyListChIP_1.31.0.zip(64位) |
| macOS二进制(x86_64) | GreyListChIP_1.31.0.tgz |
| macOS二进制(arm64) | |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GreyListChIP |
| 源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ GreyListChIP |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/GreyListChIP/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
