Glimma

DOI:10.18129 / B9.bioc.Glimma

这是发展Glimma的版本;稳定版请参见Glimma

交互式HTML图形

Bioconductor版本:开发(3.16)

该软件包使用HTML页面中的limma, edgeR或DESeq2包的输出生成rna测序数据的交互式可视化分析。交互构建在分析结果的流行静态表示之上,以便提供额外的信息。

作者:Shian Su [aut, cre], Hasaru Kariyawasam [aut], Oliver Voogd [aut], Matthew Ritchie [aut], Charity Law [aut], Stuart Lee [ctb], Isaac Virshup [ctb]

维护者:Shian Su < Su。S at wehi.edu.au>

引文(从R内,输入引用(“Glimma”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("Glimma")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“Glimma”)

超文本标记语言 R脚本 DESeq2
超文本标记语言 R脚本 介绍使用limma或edgeR
超文本标记语言 R脚本 带有edgeR的单个单元格
PDF 参考手册
文本 新闻
文本 许可证

细节

biocViews DifferentialExpressionGeneExpression微阵列RNASeqReportWriting测序软件可视化
版本 2.7.0
在Bioconductor BioC 3.3 (R-3.3)(6.5年)
许可证 GPL-3
取决于 R (>= 4.0.0)
进口 htmlwidgets刨边机DESeq2limmaSummarizedExperiment统计数据,jsonlite、方法、S4Vectors
链接
建议 testthatknitrrmarkdownBiocStyleIRangesGenomicRangespryrAnnotationHubscRNAseq食物
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/hasaru-k/GlimmaV2
BugReports https://github.com/hasaru-k/GlimmaV2/issues
全靠我 RNAseq123
进口我 affycoretools
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 Glimma_2.7.0.tar.gz
Windows二进制 Glimma_2.7.0.zip
macOS二进制文件(x86_64) Glimma_2.7.0.tgz
macOS二进制文件(arm64) Glimma_2.7.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/Glimma
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/Glimma
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/Glimma/
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  • 正常词 邮件列表——供包开发人员使用bob电竞体育官网