Glimma

DOI:10.18129 / B9.bioc.Glimma

这是发展Glimma的版本;稳定版请参见Glimma．

交互式HTML图形

Bioconductor版本:开发(3.16)

该软件包使用HTML页面中的limma, edgeR或DESeq2包的输出生成rna测序数据的交互式可视化分析。交互构建在分析结果的流行静态表示之上，以便提供额外的信息。

作者:Shian Su [aut, cre]， Hasaru Kariyawasam [aut]， Oliver Voogd [aut]， Matthew Ritchie [aut]， Charity Law [aut]， Stuart Lee [ctb]， Isaac Virshup [ctb]

维护者:Shian Su < Su。S at wehi.edu.au>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("Glimma")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“Glimma”)

超文本标记语言	R脚本	DESeq2
超文本标记语言	R脚本	介绍使用limma或edgeR
超文本标记语言	R脚本	带有edgeR的单个单元格
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	DifferentialExpression，GeneExpression，微阵列，RNASeq，ReportWriting，测序，软件，可视化
版本	2.7.0
在Bioconductor	BioC 3.3 (R-3.3)(6.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 4.0.0)
进口	htmlwidgets，刨边机，DESeq2，limma，SummarizedExperiment统计数据,jsonlite、方法、S4Vectors
链接
建议	testthat，knitr，rmarkdown，BiocStyle，IRanges，GenomicRanges，pryr，AnnotationHub，scRNAseq，嘘，食物
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/hasaru-k/GlimmaV2
BugReports	https://github.com/hasaru-k/GlimmaV2/issues
全靠我	RNAseq123
进口我	affycoretools
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	Glimma_2.7.0.tar.gz
Windows二进制	Glimma_2.7.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	Glimma_2.7.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	Glimma_2.7.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/Glimma
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/Glimma
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/Glimma/
软件包下载报告	下载数据