GladiaTOX

DOI:10.18129 / B9.bioc.GladiaTOX

这是发展GladiaTOX版本;稳定版请参见GladiaTOX．

用于处理高含量筛选数据的R包

Bioconductor版本:开发(3.17)

GladiaTOX R包是一个开源的、灵活的解决方案，用于生物医学研究中的高含量筛选数据处理和报告。GladiaTOX利用了tcpl的核心功能并提供了许多扩展:它提供了获取原始数据的web服务解决方案;它计算严重性分数，并导出ToxPi格式的文件;此外，它还包含一套生成PDF报告的功能，用于质量控制和数据处理。

作者:Vincenzo Belcastro [aut, cre]， Dayne L Filer [aut]， Stephane Cano [aut]

维护者:PMP S.A. R支持

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("GladiaTOX")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“GladiaTOX”)

超文本标记语言	R脚本	GladiaTOX
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	归一化，预处理，质量控制，软件，WorkflowStep
版本	1.15.0
在Bioconductor	BioC 3.9 (R-3.6)(4年)
许可证	GPL-2
取决于	R (>= 3.6.0)，data.table(> = 1.9.4)
进口	DBI，RMySQL，RSQLite，numDeriv，RColorBrewer，并行，统计，方法，图形，grDevices，xtable、工具、酿造，stringr，RJSONIO，ggplot2，ggrepel，tidyr跑龙套,RCurl，XML
链接
建议	roxygen2，knitr，rmarkdown，testthat，BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	GladiaTOX_1.15.0.tar.gz
Windows二进制	GladiaTOX_1.15.0.zip(64位)
macOS二进制文件(x86_64)	GladiaTOX_1.15.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	GladiaTOX_1.15.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GladiaTOX
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/GladiaTOX
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/GladiaTOX/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/GladiaTOX/
软件包下载报告	下载数据