GeomxTools

DOI:10.18129 / B9.bioc.GeomxTools

这是发展GeomxTools版本;稳定的发布版本,请参阅GeomxTools。

NanoString GeoMx工具

Bioconductor版本:发展(3.16)

NanoString技术GeoMx技术的工具。包提供的阅读功能DCC和PKC文件基于ExpressionSet派生的对象。标准化和质量控制功能也包括在内。

作者:妮可Ortogero (cre, aut),杨(aut), Ronalyn Vitancol (aut),麦迪格里斯沃尔德(aut),大卫·亨德森(aut)

维护人员:妮可Ortogero < nortogero nanostring.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“GeomxTools”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“GeomxTools”)

HTML	R脚本	强迫GeoMxSet修和SpatialExperiment对象
HTML	R脚本	开发人员介绍NanoStringGeoMxSet
HTML	R脚本	使用GeomxTools蛋白质数据
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	CellBasedAssays,DataImport,ExperimentalDesign,GeneExpression,归一化,ProprietaryPlatforms,蛋白质组学,RNASeq,测序,软件,空间,转录,转录组,mRNAMicroarray
版本	3.1.1
Bioconductor自	BioC 3.13 (r - 4.1)(1年)
许可证	麻省理工学院
取决于	R (> = 3.6),Biobase,NanoStringNCTools,S4Vectors
进口	BiocGenerics,rjson,readxl,EnvStats,reshape2统计数据、方法、跑龙套,data.table,lmerTest,dplyr,stringrgrDevices图形,GGally,rlang,ggplot2,SeuratObject
链接
建议	rmarkdown,knitr,testthat(> = 3.0.0),平行,ggiraph,修拉,SpatialExperiment(> = 1.4.0),SpatialDecon,拼接而成
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我	GeoMxWorkflows
进口我	GeoDiff,SpatialDecon
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	GeomxTools_3.1.1.tar.gz
Windows二进制	GeomxTools_3.1.1.zip
macOS 10.13(高山脉)	GeomxTools_3.1.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GeomxTools
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ GeomxTools
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/GeomxTools/
包下载报告	下载数据