GenomicSuperSignature

DOI:10.18129 / B9.bioc.GenomicSuperSignature

这是发展genome supersignature版本;稳定版请参见GenomicSuperSignature

通过与公共数据库进行稳健、高效的比较来解释RNA-seq实验

Bioconductor版本:开发(3.17)

该软件包提供了一种新的方法,通过与公共档案的近乎瞬时比较来解释新的转录组数据集,而无需高性能计算需求。通过预先计算的索引,用户可以识别与其数据集相关的公共资源,如基因集、MeSH术语和出版物。这个包中实现了用于识别可解释注释和直观可视化选项的函数。

作者:Sehyun Oh [aut, cre], Levi Waldron [aut], Sean Davis [aut]

维护者:Sehyun Oh

引文(从R内,输入引用(“GenomicSuperSignature”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("GenomicSuperSignature")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“GenomicSuperSignature”)

超文本标记语言 R脚本 RAVmodel简介
超文本标记语言 R脚本 快速入门
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews 聚类通路PrincipalComponentRNASeq测序软件SystemsBiology转录组
版本 1.7.0
在Bioconductor BioC 3.13 (R-4.1)(1.5年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 R (>= 4.1.0),SummarizedExperiment
进口 ComplexHeatmapggplot2、方法、S4VectorsBiobaseggpubrdplyr情节BiocFileCache、网格flextableirlba
链接
建议 knitrrmarkdowndevtoolsroxygen2pkgdownusethisBiocStyletestthatforcats统计数据,wordcloudcirclizeEnrichmentBrowserclusterProfilermsigdbr集群RColorBrewerreshape2宠物猫BiocManagerbcellViperreadr,跑龙套
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/shbrief/GenomicSuperSignature
BugReports https://github.com/shbrief/GenomicSuperSignature/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 GenomicSuperSignature_1.7.0.tar.gz
Windows二进制 GenomicSuperSignature_1.7.0.zip
macOS二进制文件(x86_64) GenomicSuperSignature_1.7.0.tgz
macOS二进制文件(arm64) GenomicSuperSignature_1.7.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GenomicSuperSignature
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/GenomicSuperSignature
生物包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/GenomicSuperSignature/
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/GenomicSuperSignature/
软件包下载报告 下载数据

文档»

Bioconductor

R/凹口包和文档

支持»

请细阅发布指南.将有关Bioconductor的问题发送到以下位置之一:

  • 支持网站-询问有关Bioconductor封装的问题
  • 正常词 邮件列表——供包开发人员使用bob电竞体育官网