GenomicSuperSignature

DOI:10.18129 / B9.bioc.GenomicSuperSignature

这是发展genome supersignature版本;稳定版请参见GenomicSuperSignature．

通过与公共数据库进行稳健、高效的比较来解释RNA-seq实验

Bioconductor版本:开发(3.17)

该软件包提供了一种新的方法，通过与公共档案的近乎瞬时比较来解释新的转录组数据集，而无需高性能计算需求。通过预先计算的索引，用户可以识别与其数据集相关的公共资源，如基因集、MeSH术语和出版物。这个包中实现了用于识别可解释注释和直观可视化选项的函数。

作者:Sehyun Oh [aut, cre]， Levi Waldron [aut]， Sean Davis [aut]

维护者:Sehyun Oh

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("GenomicSuperSignature")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“GenomicSuperSignature”)

超文本标记语言	R脚本	RAVmodel简介
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细节

biocViews	聚类，通路，PrincipalComponent，RNASeq，测序，软件，SystemsBiology，转录组
版本	1.7.0
在Bioconductor	BioC 3.13 (R-4.1)(1.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 4.1.0)，SummarizedExperiment
进口	ComplexHeatmap，ggplot2、方法、S4Vectors，Biobase，ggpubr，dplyr，情节，BiocFileCache、网格flextable，irlba
链接
建议	knitr，rmarkdown，devtools，roxygen2，pkgdown，usethis，BiocStyle，testthat，forcats统计数据,wordcloud，circlize，EnrichmentBrowser，clusterProfiler，msigdbr，集群，RColorBrewer，reshape2，宠物猫，BiocManager，bcellViper，readr,跑龙套
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/shbrief/GenomicSuperSignature
BugReports	https://github.com/shbrief/GenomicSuperSignature/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	GenomicSuperSignature_1.7.0.tar.gz
Windows二进制	GenomicSuperSignature_1.7.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	GenomicSuperSignature_1.7.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	GenomicSuperSignature_1.7.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GenomicSuperSignature
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/GenomicSuperSignature
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/GenomicSuperSignature/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/GenomicSuperSignature/
软件包下载报告	下载数据