GenomicScores

DOI:10.18129 / B9.bioc.GenomicScores

这是发展GenomicScores版本;稳定的发布版本,请参阅GenomicScores。

基础设施与全基因组position-specific分数

Bioconductor版本:发展(3.17)

提供基础设施来存储和访问全基因组在R和Bioconductor position-specific分数。

作者:罗伯特Castelo (aut (cre),加索尔菲[所有],巴勃罗·罗德里格斯(施)

维护人员:罗伯特Castelo <罗伯特。在upf.edu castelo >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“GenomicScores”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“GenomicScores”)

HTML	R脚本	介绍GenomicScores包
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	注释,AnnotationHubSoftware,报道,遗传学,基础设施,测序,软件
版本	2.11.0
Bioconductor自	BioC 3.5 (r - 3.4)(5.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.5),S4Vectors(> = 0.7.21),GenomicRanges、方法、BiocGenerics(> = 0.13.8)
进口	属性,跑龙套,XML,httr,Biobase,BiocManager,BiocFileCache,IRanges(> = 2.3.23),Biostrings,GenomeInfoDb,AnnotationHub,rhdf5,DelayedArray,HDF5Array
链接
建议	RUnit,BiocStyle,knitr,rmarkdown,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,phastCons100way.UCSC.hg19,MafDb.1Kgenomes.phase1.hs37d5,SNPlocs.Hsapiens.dbSNP144.GRCh37,VariantAnnotation,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,gwascat,RColorBrewer,闪亮的,shinyjs,shinycustomloader,data.table,DT,magrittr,shinydashboard
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/rcastelo/GenomicScores
BugReports	https://github.com/rcastelo/GenomicScores/issues
取决于我	fitCons.UCSC.hg19,MafDb.1Kgenomes.phase1.GRCh38,MafDb.1Kgenomes.phase1.hs37d5,MafDb.1Kgenomes.phase3.GRCh38,MafDb.1Kgenomes.phase3.hs37d5,MafDb.ExAC.r1.0.GRCh38,MafDb.ExAC.r1.0.hs37d5,MafDb.ExAC.r1.0.nonTCGA.GRCh38,MafDb.ExAC.r1.0.nonTCGA.hs37d5,MafDb.gnomAD.r2.1.GRCh38,MafDb.gnomAD.r2.1.hs37d5,MafDb.gnomADex.r2.1.GRCh38,MafDb.gnomADex.r2.1.hs37d5,MafDb.TOPMed.freeze5.hg19,MafDb.TOPMed.freeze5.hg38,MafH5.gnomAD.v3.1.1.GRCh38,MafH5.gnomAD.v3.1.2.GRCh38,phastCons100way.UCSC.hg19,phastCons100way.UCSC.hg38,phastCons30way.UCSC.hg38,phastCons35way.UCSC.mm39,phastCons7way.UCSC.hg38,phyloP35way.UCSC.mm39
进口我	appreci8R,ATACseqQC,primirTSS,RareVariantVis,VariantFiltering
建议我	methrix
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	GenomicScores_2.11.0.tar.gz
Windows二进制	GenomicScores_2.11.0.zip
macOS二进制(x86_64)	GenomicScores_2.11.0.tgz
macOS二进制(arm64)	GenomicScores_2.11.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GenomicScores
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ GenomicScores
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/GenomicScores/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/GenomicScores/
包下载报告	下载数据