GenomicOZone

DOI:10.18129 / B9.bioc.GenomicOZone

这是发展GenomicOZone版本;稳定的发布版本,请参阅GenomicOZone。

描绘杰出的基因组区域差异基因的活动

Bioconductor版本:发展(3.14)

包集群基因活动沿着染色体区域,检测微分区优秀,可视化的地图突出整个基因组区域。它使表征影响多个基因适应性基因组内的社区,这可能源于基因组重组,表观基因组结构变异,或变更。它保证集群最优线性运行时样本大小,和再现性。一个可以应用在全基因组拷贝数等活动的测量,转录组、蛋白质组学和甲基化数据。

作者:钟华,明州的歌

维修工:明州歌钟华< zh9118 gmail.com > < joemsong cs.nmsu.edu >

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如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“GenomicOZone”)

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HTML	R脚本	GenomicOZone
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biocViews	注释,BiomedicalInformatics,CellBiology,聚类,CopyNumberVariation,报道,DifferentialExpression,DifferentialMethylation,FunctionalGenomics,FunctionalPrediction,GeneExpression,GeneRegulation,遗传学,GenomicVariation,RNASeq,回归,测序,软件,StructuralVariation,SystemsBiology,转录,转录组,可视化
版本	1.7.0
Bioconductor自	BioC 3.10 (r - 3.6)(1.5年)
许可证	LGPL (> = 3)
取决于	R (> = 4.0.0),Ckmeans.1d.dp安装(> = 4.3.0),GenomicRanges,biomaRt,ggplot2
进口	统计,grDevices跑龙套,plyr,gridExtra,光敏电阻平行,ggbio,S4Vectors,IRanges,GenomeInfoDb,Rdpack
链接
建议	readxl,GEOquery,knitr,rmarkdown
SystemRequirements
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包档案

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源包	GenomicOZone_1.7.0.tar.gz
Windows二进制	GenomicOZone_1.7.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	GenomicOZone_1.7.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GenomicOZone
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ GenomicOZone
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/GenomicOZone/
包下载报告	下载数据