GenomicInteractions

DOI:10.18129 / B9.bioc.GenomicInteractions

这是发展genome interactions版本;稳定版请参见GenomicInteractions．

处理基因组相互作用数据的实用程序

Bioconductor版本:开发(3.16)

用于处理基因组相互作用数据的实用程序，如ChIA-PET或Hi-C，用相互作用信息注释基因组特征，并生成图和汇总统计。

作者:汉斯顿，N.， Ing-Simmons, E.，佩里，M.， Baresic, A.， Lenhard, B.。

维护者:Liz Ing-Simmons < Liz。Ingsimmons在gmail.com>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("GenomicInteractions")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“GenomicInteractions”)

超文本标记语言	R脚本	chiapet_vignette.html
超文本标记语言	R脚本	GenomicInteractions-HiC
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DataImport，DataRepresentation，嗝，基础设施，软件
版本	1.31.0
在Bioconductor	BioC 3.0 (R-3.1)(7.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 3.5)，InteractionSet
进口	Rsamtools，rtracklayer，GenomicRanges(> = 1.29.6),IRanges，BiocGenerics(> = 0.15.3),data.table，stringr，GenomeInfoDb，ggplot2、网格gridExtra、方法、igraph，S4Vectors(> = 0.13.13),dplyr，Gviz，Biobase，图形，统计，utils, grDevices
链接
建议	knitr，rmarkdown，BiocStyle，testthat
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/ComputationalRegulatoryGenomicsICL/GenomicInteractions/
全靠我
进口我	CAGEfightR，extraChIPs，HiCDCPlus，spatzie
建议我	芝加哥，埃尔默，sevenC
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	GenomicInteractions_1.31.0.tar.gz
Windows二进制	GenomicInteractions_1.31.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	GenomicInteractions_1.31.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GenomicInteractions
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/GenomicInteractions
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/GenomicInteractions/
软件包下载报告	下载数据