GenomicDistributions

DOI:10.18129 / B9.bioc.GenomicDistributions

这是发展GenomicDistributions版本;稳定的发布版本,请参阅GenomicDistributions。

GenomicDistributions:快速分析基因组与Bioconductor间隔

Bioconductor版本:发展(3.17)

如果你有一组基因组范围,这个包可以帮助您可视化和比较。它产生的几种情节,例如:染色体分布情节,想象你的地区是如何分布在染色体;特征距离分布的阴谋,以可视化你的地区分布相对于感兴趣的一个特性,如转录起始位点(tss);基因组分区块,想象你的区域重叠基因启动子等特性,内含子、外显子,或基因间区域。它也很容易比较一组到另一个范围。

作者:Kristyna Kupkova (aut (cre),何塞Verdezoto (aut),泰Danehy (aut),约翰•劳森(aut)穆Verdezoto (aut),米甲Stolarczyk (aut),贾森·史密斯(aut),冰结雪(aut),索菲娅·罗杰斯(aut),约翰•斯塔布斯(aut),内森·c·谢菲尔德(aut)

维护人员:Kristyna Kupkova < kristynakupkova gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“GenomicDistributions”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“GenomicDistributions”)

HTML	R脚本	1。开始使用GenomicDistributions
HTML		2。全功率GenomicDistributions
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	报道,DataRepresentation,FunctionalGenomics,GenomeAnnotation,GenomeAssembly,测序,软件,可视化
版本	1.7.0
Bioconductor自	BioC 3.13 (r - 4.1)(1.5年)
许可证	BSD_2_clause +文件许可证
取决于	R (> = 4.0),IRanges,GenomicRanges
进口	data.table,ggplot2,reshape2、方法、跑龙套Biostrings,plyr,dplyr,尺度,扫帚,GenomeInfoDb,统计数据
链接
建议	AnnotationFilter,rtracklayer,testthat,knitr,BiocStyle,rmarkdown,GenomicDistributionsData
SystemRequirements
增强了	BSgenome,extrafont,ensembldb,GenomicFeatures
URL	http://code.databio.org/GenomicDistributions
BugReports	http://github.com/databio/GenomicDistributions
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	GenomicDistributions_1.7.0.tar.gz
Windows二进制	GenomicDistributions_1.7.0.zip
macOS二进制(x86_64)	GenomicDistributions_1.7.0.tgz
macOS二进制(arm64)	GenomicDistributions_1.7.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GenomicDistributions
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ GenomicDistributions
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/GenomicDistributions/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/GenomicDistributions/
包下载报告	下载数据