GenomicDataCommons

DOI:10.18129 / B9.bioc.GenomicDataCommons

这是发展GenomicDataCommons版本;稳定的发布版本,请参阅GenomicDataCommons。

NIH / NCI基因组数据共享访问

Bioconductor版本:发展(3.17)

以编程方式访问美国国立卫生研究院/ NCI基因组数据共享rest式服务。

作者:马丁·摩根(aut),肖恩·戴维斯(aut (cre),马塞尔•拉莫斯(施)

维护人员:肖恩·戴维斯在gmail.com < seandavi >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“GenomicDataCommons”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“GenomicDataCommons”)

HTML	R脚本	介绍访问NCI基因组数据共享
HTML	R脚本	从多年的问题和答案
HTML	R脚本	体细胞突变数据
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DataImport,测序,软件
版本	1.23.1
Bioconductor自	BioC 3.5 (r - 3.4)(5.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.4.0),magrittr
进口	统计数据,httr,xml2,jsonlite跑龙套,rlang,readr,GenomicRanges,IRanges,dplyr,rappdirs,宠物猫
链接
建议	BiocStyle,knitr,rmarkdown,DT,testthat,列表视图,ggplot2,GenomicAlignments,Rsamtools,BiocParallel,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene,VariantAnnotation,maftools,R.utils,data.table
SystemRequirements
增强了
URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/GenomicDataCommonshttp://github.com/Bioconductor/GenomicDataCommonshttp://bioconductor.github.io/GenomicDataCommons/
BugReports	https://github.com/Bioconductor/GenomicDataCommons/issues/new
取决于我
进口我	GDCRNATools,TCGAutils
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	GenomicDataCommons_1.23.1.tar.gz
Windows二进制	GenomicDataCommons_1.23.1.zip
macOS二进制(x86_64)	GenomicDataCommons_1.23.1.tgz
macOS二进制(arm64)	GenomicDataCommons_1.23.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GenomicDataCommons
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ GenomicDataCommons
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/GenomicDataCommons/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/GenomicDataCommons/
包下载报告	下载数据