基因管理

DOI：10.18129 / b9.bioc.genomicalign.

这是发展基因组的版本;对于稳定的版本版本，请参阅基因管理。

表示和操纵短基因组对准

Bioconductor版本：开发（3.13）

提供用于存储和操纵短基因组对准的有效容器（通常通过将短读取到参考基因组来获得的短基因组对准。这包括读数计数，计算覆盖，结检测，并使用对准的核苷酸含量。

作者：HervéPagès，Valerie Obenchain，Martin Morgan

维护者：Bioconductor Package维护者

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.1”）并输入：

if（！quancamespace（“biocmanager”，squally = true））install.packages（“biocmanager”）＃以下初始化Buoc Devel Biocmanager :: Install（版本='devel'）BiocManager :: Install（“Genomicalignings”）

对于旧版本，请参阅相应的生物导体释放。

文件

要查看系统中安装此包版本的文档，请启动r并输入：

BROWSEVIGNETTES（“基因管理”）

PDF.	r script.	基因组态包的介绍
PDF.	r script.	用汇总逻辑读取读数
PDF.	r script.	重叠编码
PDF.	r script.	使用对齐的核苷酸
PDF.		参考手册
文本		消息
视频		从BAM文件读取 - 第1部分
视频		从BAM文件读取 - 第2部分

细节

Biocviews.	结盟那覆盖范围那DataImport.那遗传学那免疫学那基础设施那rnaseq.那SNP.那测序那软件
版本	1.27.2
在生物导体中以来	BIOC 2.14（R-3.1）（7年）
执照	艺术-2.0
依靠	R（> = 4.0.0），方法，生物根系（> = 0.37.0），S4Vectors.（> = 0.27.12），绞喉（> = 2.23.9），Genomeinfodb.（> = 1.13.1），Genomicranges.（> = 1.41.5），概括分析（> = 1.9.13），生物仪器（> = 2.55.7），RSAMTOOLS.（> = 1.31.2）
进口	方法，Utils，统计数据，生物根系那S4Vectors.那绞喉那Genomicranges.那生物仪器那RSAMTOOLS.那生物相投
链接到	S4Vectors.那绞喉
建议	缩短那rtracklayer.那bsgenome.那基因组法那rnaseqdata.hnrnpc.bam.chr14.那Pasillabamsubset.那txdb.hsapiens.ucsc.hg19.knowngene.那txdb.dmelanogaster.ucsc.dm3.ensgene.ensgene.那bsgenome.dmelanogaster.ucsc.dm3.那bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19.那deseq2.那edger.那运行那生物焦
系统要求
加强
URL.	https://biocumon.org/packages/genomicalign.
Bugreports.	https://github.com/bioconductor/genomicaligning/issues.
取决于我	等位基因矛纪那Alpinedata.那Basic4cseq.那Basicstarrseq.那chipexoqual.那GROHMM那Helloranges.那HireadsProcessor.那IGVR.那orfik.那预先那补偿那Ribodipa.那rnaseqmap.那划分那测序那缩短那拼接照片
进口我	高寒那Anufinder.那Apalyzer.那aspediafi.那Aspli.那Atacseqqc.那baalchip.那Bambu.那Biovizbase.那断点那Brgenomics.那CageFightr.那蛋糕那Chimeraviz.那Chippeakanno.那chipqc.那铬星座那克那共识那cont那撰稿人那CoverageView.那Crisprvariants.那CSSQ.那Customprodb.那DAMEFINDER.那degnorm.那德内捷德那descan2.那困惑那easyrnaseq.那exoMepeak2.那弗雷泽那Funchip.那GCAPC.那genogam.那基因组那基因组夫妇那GGBIO.那GMAPR.那Gmoviz那格雷比亚斯核糖那GUIDESEQ.那GVIZ.那htseqgenie.那冰茶那IMAS.那检查那兴趣那Leebamviews.那宏伟那Madseq.那MDTS.那比赛那Metagene2.那METASEQR2.那甲基皮脂那马赛克那msgbsr.那Nadfinder.那图片那普利兰语那摇篮那Proactiv.那Ramwas.那rcade.那repitools.那riboprofiling那RibosomeProfiling QC那ramodr.那rnaprobr.那怒吼那rqc.那rtracklayer.那sc那颈背那seqplots.那seqsetvis.那SGSEQ.那Soggi.那拼接照片那碎片那Srnadiff.那Strandcheckr.那Tapseq.那tarseqqc.那Tcseq.那TrackViewer.那经纪人那Tsrchitect那ularcirc那umi4cats.那漩涡那vplotr.
建议我	Alpinedata.那扩增人那生物相投那CSAW.那吐那Genomeinfodb.那GenomicDataComons.那基因组法那Genomicranges.那绞喉那Nanoporernaseq.那甲状旁腺那Quasr.那rnaseqdata.hnrnpc.bam.chr14.那RSAMTOOLS.那SamessPeak.那飘带那Systempiper.
链接给我
建立报告

包档案包

跟随bob 体育网址 在r会话中使用此包的说明。

源包	genomicaligning_1.27.2.tar.gz.
Windows二进制文件	genomicaligning_1.27.2.zip.（32-＆64位）
Macos 10.13（高塞拉）	genomicaligning_1.27.2.tgz.
源存储库	git clone https://git.biocondudard.org/packages/genomicalign.
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.biocondion.org：包/基因组
包短网址	https://biocumon.org/packages/genomicalignments/
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