GenomeInfoDb

DOI:10.18129 / B9.bioc.GenomeInfoDb

这是发展GenomeInfoDb版本;稳定发布版本请参见GenomeInfoDb．

用于操作染色体名称的实用程序，包括修改它们以遵循特定的命名风格

Bioconductor版本:开发(3.14)

包含定义并允许在不同染色体序列命名约定(例如，“chr1”与“1”)之间进行转换的数据和函数，包括一个试图按自然顺序而不是字典顺序排列序列名称的函数。

作者:索纳利·阿罗拉，马丁·摩根，马克·卡尔森，H. Pagès

维护者:Bioconductor包维护者< Bioconductor .org>的维护者

安装

要安装此包，启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager"， quiet = TRUE)) #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("GenomeInfoDb")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“GenomeInfoDb”)

PDF	R脚本	GenomeInfoDb: GenomeInfoDb简介
PDF	R脚本	将你的生物体提交到GenomeInfoDb
PDF		参考手册
文本		新闻
视频		简单的任务genomeInfoDb

细节

biocViews	注释，DataRepresentation，遗传学，GenomeAnnotation，软件
版本	1.29.0
Bioconductor自	BioC 2.14 (R-3.1)(7年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(>= 4.0.0)，方法，BiocGenerics(> = 0.37.0),S4Vectors(> = 0.25.12),IRanges(> = 2.13.12)
进口	统计数据、stats4跑龙套,RCurl, GenomeInfoDbData
链接
建议	GenomicRanges，Rsamtools，GenomicAlignments，GenomicFeaturesTxDb.Dmelanogaster.UCSC.dm3.ensGene,BSgenome, BSgenome.Scerevisiae.UCSC。sacCer2 BSgenome.Celegans.UCSC。ce2 BSgenome.Hsapiens.NCBI.GRCh38,RUnit，BiocStyle，knitr
SystemRequirements
增强了
URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/GenomeInfoDb
BugReports	https://github.com/Bioconductor/GenomeInfoDb/issues
取决于我	Biostrings，BRGenomics，BSgenome，bumphunter，ChIPComp，食典委，CSAR，GenomicAlignments，GenomicFeatures，GenomicRanges，GenomicTuples，gmapR，groHMM，HelloRanges，IdeoViz，Rsamtools，范围，VariantAnnotation
进口我	AllelicImbalance，高山，amplican，AneuFinder，AnnotationHubData，annotatr，ASpediaFI，ATACseqQC，BaalChIP，舞会礼服，bambu，BasicSTARRseq，biovizBase，biscuiteer，BiSeq，bnbc，分歧点，breakpointR，BSgenome，bsseq，BUSpaRse，CAGEfightR，篮球选手，卡斯珀，cBioPortalData，chimeraviz，ChIPanalyser，chipenrich，chipenrich.data，ChIPexoQual，ChIPpeakAnno，ChIPseeker，chromstaR，chromVAR，CINdex，circRNAprofiler，cleanUpdTSeq，cn.mops，cn，CNVfilteR，CNVPanelizer，CNVRanger，compEpiTools，consensusSeekeR，conumee，CopyNumberPlots，文案，CrispRVariants，csaw，customProDB，DAMEfinder，dasper，decompTumor2Sig，位深蓝，derfinder，derfinderPlot，DEScan2，DEWSeq，diffHic，diffloop，diffUTR，DMRcate，DMRScan，dmrseq，DominoEffect，easyRNASeq，埃尔默，ENCODExplorer，enrichTF，ensembldb，ensemblVEP，epialleleR，epigenomix，epigraHMM，EpiTxDb，epivizr，epivizrData，epivizrStandalone，erma，esATAC，EventPointer，exomeCopy，exomePeak2，弗雷泽，FunChIP，funtooNorm，GA4GHclient，GA4GHshiny，gcapc，genbankr，geneAttribution，GenoGAM，genomation，genomeIntervals，GenomicDistributions，GenomicDistributionsData，GenomicFiles，GenomicInteractions，GenomicOZone，GenomicScores，genotypeeval，GenVisR，ggbio，gmoviz，哥特，GreyListChIP，GUIDEseq，Gviz，gwascat，h5vc，的热图，HiCBricks，HiCDCPlus，HiTC，HTSeqGenie，idr2d，ima，InPAS，检查，InteractionSet，IsoformSwitchAnalyzeR，iva，karyoploteR，ldblock，MACPET，MADSEQ，微波激射器，metagene，metagene2，metaseqR2，metavizr，MethCP，methimpute，methInheritSim，methylKit，methylPipe，MethylSeqData，methylSig，methylumi，minfi，MinimumDistance，MMAPPR2，马赛克，motifbreakR，motifmatchr，MouseFM，msgbsR，multicrispr，multiHiCcompare，musicatk，MutationalPatterns，myvariant，NADfinder，nearBynding，netDx，normr，诊断，OMICsPCA，ORFik，Organism.dplyr，panelcn.mops，periodicDNA，π，pipeFrame，plyranges，podkat，婴儿车，prebs，高伦雅芙，profileplyr，ProteomicsAnnotationHubData，PureCN，qpgraph，qsea，QuasR，R3CPET，r3Cseq，RaggedExperiment，RareVariantVis，Rcade，美国广播公司，rCGH，RcisTarget，重新计票，收回，地区，regionReport，REMP，Repitools，RiboProfiling，riboSeqR，ribosomeProfilingQC，RJMCMCNucleosomes，rnaEditr，RNAmodR，咆哮，RTCGAToolbox，rtracklayer，scmeth，颈背，segmentSeq，SeqArray，seqCAT，seqsetvis，sevenC，SGSeq，ShortRead，签名者，SigsPack，SingleMoleculeFootprinting，sitadela，SNPhood，soGGi，SomaticSignatures，SparseSignatures，有尖刺的，SplicingGraphs，分裂，srnadiff，斯坦，strandCheckR，SummarizedExperiment，TAPseq，TarSeqQC，TCGAutils，TCGAWorkflow，TFBSTools，TitanCNA，三硝基甲苯，trackViewer，transcriptR，tRNAscanImport，TSRchitect，TVTB，tximeta，Ularcirc，UMI4Cats，VanillaICE，VariantFiltering，VariantTools，VaSP，VplotR，wiggleplotr，YAPSA
建议我	AnnotationForge，AnnotationHub，BiocOncoTK，chromswitch，ExperimentHubData，megadepth，methrix，MungeSumstats，parglms，QDNAseq，飞溅，StructuralVariantAnnotation，TFutils
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	GenomeInfoDb_1.29.0.tar.gz
Windows二进制	GenomeInfoDb_1.29.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	GenomeInfoDb_1.29.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GenomeInfoDb
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ GenomeInfoDb
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/GenomeInfoDb/
包下载报告	下载数据