GeneRegionScan

DOI:10.18129 / B9.bioc.GeneRegionScan

这是发展GeneRegionScan版本;稳定的发布版本,请参阅GeneRegionScan。

GeneRegionScan

Bioconductor版本:发展(3.17)

一个包与重点分析的离散区域的基因组。这个包是用于一个或几个基因的调查使用Affymetrix数据,因为它将使用Affymetrix电动工具提取探测器级数据应用和包装ProbeLevelSet这些数据。expressionSet ProbeLevelSet直接扩展,但包括额外的信息每个探针和探针的序列来自。包包含许多功能用于绘制这些探测水平数据沿着mRNA-strands序列位置的函数。可变剪接,这可以用于分析,尤其适合使用exon-array数据。

作者:Lasse Folkersen,迭戈Diez

维护人员:Lasse Folkersen < lasfol在cbs.dtu.dk >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“GeneRegionScan”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“GeneRegionScan”)

PDF	R脚本	GeneRegionScan
PDF		参考手册

细节

biocViews	DataImport,微阵列,OneChannel,单核苷酸多态性,软件,可视化
版本	1.55.0
Bioconductor自	BioC 2.4 (r - 2.9)(14年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	方法,Biobase(> = 2.5.5),Biostrings
进口	S4Vectors(> = 0.9.25),Biobase(> = 2.5.5),affxparser,RColorBrewer,Biostrings
链接
建议	BSgenome,affy,AnnotationDbi
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	GeneRegionScan_1.55.0.tar.gz
Windows二进制	GeneRegionScan_1.55.0.zip(64位)
macOS二进制(x86_64)	GeneRegionScan_1.55.0.tgz
macOS二进制(arm64)	GeneRegionScan_1.55.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GeneRegionScan
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ GeneRegionScan
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/GeneRegionScan/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/GeneRegionScan/
包下载报告	下载数据