GeneExpressionSignature

DOI:10.18129 / B9.bioc.GeneExpressionSignature

这是发展GeneExpressionSignature版本;稳定版请参见GeneExpressionSignature．

基于相似性度量的基因表达特征

Bioconductor版本:开发(3.17)

这个包给出了基因表达签名的实现及其与每个签名的距离。基因表达签名表示为其表达与感兴趣的生物状态相关的基因列表。使用基于Kolmogorov-Smirnov统计量的非参数、基于秩的模式匹配策略来定义它的距离。基因表达特征及其距离可用于检测药物、疾病和感兴趣的生物状态特征之间的相似性。

作者:曹阳[aut, cre]，李飞[ctb]，鹿晗[ctb]

维护者:杨操< yiluheiheheat gmail.com>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("GeneExpressionSignature")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“GeneExpressionSignature”)

超文本标记语言	R脚本	GeneExpressionSignature
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	GeneExpression，软件
版本	1.45.0
在Bioconductor	BioC 2.9 (R-2.14)(11年)
许可证	GPL-2
取决于	R (>= 4.0)
进口	Biobase、统计数据、方法
链接
建议	apcluster，GEOquery，knitr，rmarkdown，BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/yiluheihei/GeneExpressionSignature
BugReports	https://github.com/yiluheihei/GeneExpressionSignature/issues/
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	GeneExpressionSignature_1.45.0.tar.gz
Windows二进制	GeneExpressionSignature_1.45.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	GeneExpressionSignature_1.45.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	GeneExpressionSignature_1.45.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GeneExpressionSignature
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/GeneExpressionSignature
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/GeneExpressionSignature/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/GeneExpressionSignature/
软件包下载报告	下载数据