GeneAccord

DOI:10.18129 / B9.bioc.GeneAccord

这是发展GeneAccord版本;稳定版请参见GeneAccord．

在癌症患者队列中检测克隆专属基因或途径对

Bioconductor版本:开发(3.17)

一个统计框架来检查在肿瘤中共存的克隆的组合。更准确地说，该算法发现了在同一肿瘤中突变但在不同克隆中的基因对，即它们的亚克隆突变谱是互斥的。我们称之为克隆排他性。这意味着突变发生在肿瘤系统发育的不同分支，表明克隆的平行进化。我们的统计框架评估了克隆性排他性模式在一组患者中是否比预期的几率更大。所需的输入数据是来自癌症患者队列的突变基因到克隆的分配，这是通过运行系统发育树推断方法获得的。重建肿瘤的进化史并检测克隆是具有挑战性的。对于非确定性算法，重复的树推理运行可能导致突变到克隆的分配略有不同。因此，我们的算法被设计为允许每个患者输入多个基因到克隆的分配。它们可能是通过反复执行树推理或从树的后验分布中取样而产生的。 The tree inference methods designate the mutations to individual clones. The mutations can then be mapped to genes or pathways. Hence our statistical framework can be applied on the gene level, or on the pathway level to detect clonally exclusive pairs of pathways. If a pair is significantly clonally exclusive, it points towards the fact that this specific clone configuration confers a selective advantage, possibly through synergies between the clones with these mutations.

作者:Ariane L. Moore, Jack Kuipers和Niko Beerenwinkel

维护者:Ariane L. Moore < Ariane。摩尔在bsse.ethz.ch>

安装

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如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("GeneAccord")

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文档

PDF		参考手册

细节

biocViews	BiomedicalInformatics，FeatureExtraction，FunctionalGenomics，GeneticVariability，遗传学，GenomicVariation，MathematicalBiology，通路，PatternLogic，软件，SomaticMutation，SystemsBiology
版本	1.17.0
在Bioconductor	BioC 3.8 (R-3.5)(4年)
许可证	文件许可
取决于	R (>= 3.5)
进口	biomaRt，caTools，dplyr，ggplot2，图形，grDevices，gtools，ggpubr，magrittr，maxLik，RColorBrewer，reshape2统计数据,宠物猫,跑龙套
链接
建议	为了，BiocStyle，devtools，knitr，rmarkdown，testthat
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/cbg-ethz/GeneAccord
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源包
Windows二进制
macOS二进制文件(x86_64)
macOS二进制文件(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GeneAccord
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/GeneAccord
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/GeneAccord/
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