GWENA

DOI:10.18129 / B9.bioc.GWENA

这是发展GWENA版本;稳定的发布版本,请参阅GWENA

为增强co-expression分析管道

Bioconductor版本:发展(3.18)

高通量测序技术的发展导致增加使用co-expression分析去超越单一特征(即基因)的焦点。我们建议GWENA(基因整个co-Expression网络分析),设计一个工具来执行基因co-Expression网络分析和探索结果在一个单一的管道。它包括功能性浓缩的模块中的基因,phenotypcal协会、拓扑分析和比较两种情况下的网络配置。

作者:Gwenaelle莱莫恩(aut (cre),Marie-Pier Scott-Boyer(黑色),Arnaud所有权(曾经)

维护人员:Gwenaelle莱莫恩<莱莫恩。在gmail.com gwenaelle >

从内部引用(R,回车引用(“GWENA”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“GWENA”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“GWENA”)

HTML R脚本 GWENA-vignette
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews 聚类,,GeneExpression,GeneSetEnrichment,GraphAndNetwork,微阵列,网络,NetworkEnrichment,通路,RNASeq,测序,软件,转录组,可视化,mRNAMicroarray
版本 1.11.0
Bioconductor自 BioC 3.12 (r - 4.0)(2.5年)
许可证 GPL-3
取决于 R (> = 4.1)
进口 WGCNA (> = 1.67), dplyr (> = 0.8.3) dynamicTreeCut (> = 1.63 1), ggplot2 (> = 3.1.1) gprofiler2 (> = 0.1.6) magrittr(> = 1.5),宠物猫(> = 2.1.1)tidyr (> = 1.0.0) NetRep (> = 1.2.1), igraph (> = 1.2.4.1) RColorBrewer (> = 1.1 2), purrr (> = 0.3.3) rlist (> = 0.4.6.1) matrixStats (> = 0.55.0),SummarizedExperiment(> = 1.14.1)stringr(> = 1.4.0)集群(> =魅惑,grDevices(> = 4.0.4)方法,图形、属性、跑龙套
链接
建议 testthat(> =魅惑,knitr (> = 1.25), rmarkdown (> = 1.16), prettydoc (> = 0.3.0) httr (> = 1.4.1),S4Vectors(> = 0.22.1),BiocStyle(> = 2.15.8)
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports https://github.com/Kumquatum/GWENA/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包 GWENA_1.11.0.tar.gz
Windows二进制 GWENA_1.11.0.zip(64位)
macOS二进制(x86_64) GWENA_1.11.0.tgz
macOS二进制(arm64) GWENA_1.11.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GWENA
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ GWENA
Bioc包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/GWENA/
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/GWENA/
包下载报告 下载数据

文档»

Bioconductor

R/凹口包和文档

支持»

请阅读发布指南。文章质疑Bioconductor到以下位置:

  • 支持网站——关于Bioconductor包的问题
  • 正常词 开发人员邮件列表,包bob电竞体育官网