GWENA

DOI:10.18129 / B9.bioc.GWENA

这是发展GWENA版本;稳定的发布版本,请参阅GWENA。

为增强co-expression分析管道

Bioconductor版本:发展(3.18)

高通量测序技术的发展导致增加使用co-expression分析去超越单一特征(即基因)的焦点。我们建议GWENA(基因整个co-Expression网络分析),设计一个工具来执行基因co-Expression网络分析和探索结果在一个单一的管道。它包括功能性浓缩的模块中的基因,phenotypcal协会、拓扑分析和比较两种情况下的网络配置。

作者:Gwenaelle莱莫恩(aut (cre),Marie-Pier Scott-Boyer(黑色),Arnaud所有权(曾经)

维护人员:Gwenaelle莱莫恩<莱莫恩。在gmail.com gwenaelle >

安装

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如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“GWENA”)

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HTML	R脚本	GWENA-vignette
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细节

biocViews	聚类,去,GeneExpression,GeneSetEnrichment,GraphAndNetwork,微阵列,网络,NetworkEnrichment,通路,RNASeq,测序,软件,转录组,可视化,mRNAMicroarray
版本	1.11.0
Bioconductor自	BioC 3.12 (r - 4.0)(2.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 4.1)
进口	WGCNA (> = 1.67), dplyr (> = 0.8.3) dynamicTreeCut (> = 1.63 1), ggplot2 (> = 3.1.1) gprofiler2 (> = 0.1.6) magrittr(> = 1.5),宠物猫(> = 2.1.1)tidyr (> = 1.0.0) NetRep (> = 1.2.1), igraph (> = 1.2.4.1) RColorBrewer (> = 1.1 2), purrr (> = 0.3.3) rlist (> = 0.4.6.1) matrixStats (> = 0.55.0),SummarizedExperiment(> = 1.14.1)stringr(> = 1.4.0)集群(> =魅惑,grDevices(> = 4.0.4)方法,图形、属性、跑龙套
链接
建议	testthat(> =魅惑,knitr (> = 1.25), rmarkdown (> = 1.16), prettydoc (> = 0.3.0) httr (> = 1.4.1),S4Vectors(> = 0.22.1),BiocStyle(> = 2.15.8)
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/Kumquatum/GWENA/issues
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包档案

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源包	GWENA_1.11.0.tar.gz
Windows二进制	GWENA_1.11.0.zip(64位)
macOS二进制(x86_64)	GWENA_1.11.0.tgz
macOS二进制(arm64)	GWENA_1.11.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GWENA
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ GWENA
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/GWENA/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/GWENA/
包下载报告	下载数据