GWASTools

DOI:10.18129 / B9.bioc.GWASTools

这是发展GWASTools版本;稳定版请参见GWASTools．

全基因组关联研究工具

Bioconductor版本:开发(3.17)

类，用于存储非常大的GWAS数据集和注释，以及用于GWAS数据清理和分析的函数。

作者:Stephanie M. Gogarten, Cathy Laurie, Tushar Bhangale, Matthew P. Conomos, Cecelia Laurie, Michael Lawrence, Caitlin McHugh, Ian Painter，郑秀文，Jess Shen, Rohit Swarnkar, Adrienne Stilp, Sarah Nelson, David Levine

维护者:Stephanie M. Gogarten

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("GWASTools")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“GWASTools”)

PDF	R脚本	GWASTools中的数据格式
PDF	R脚本	GWAS数据清洗
PDF	R脚本	准备Affymetrix数据
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	GeneticVariability，微阵列，质量控制，单核苷酸多态性，软件
版本	1.45.0
在Bioconductor	BioC 2.9 (R-2.14)(11年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	Biobase
进口	图形，统计，utils，方法，gdsfmt，DBI，RSQLite，GWASExactHW，DNAcopy，生存，三明治，航空航天，logistf，quantsmooth，data.table
链接
建议	ncdf4，GWASdata，BiocGenerics，RUnit，Biostrings，GenomicRanges，IRanges，SNPRelate，snpStats，S4Vectors，VariantAnnotation、并行
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/smgogarten/GWASTools
全靠我	GWASdata，mBPCR
进口我	《创世纪》，gwasurvivr
建议我	podkat
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	GWASTools_1.45.0.tar.gz
Windows二进制	GWASTools_1.45.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	GWASTools_1.45.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	GWASTools_1.45.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GWASTools
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/GWASTools
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/GWASTools/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/GWASTools/
软件包下载报告	下载数据